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Is there a way to get `cor` to work?

Aberta
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Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Facilidade para iniciantes
42/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
r
Domínio
data

Direção de pesquisa

Comece reproduzindo o erro relatado cor(DelayedArray(x), DelayedArray(y)) e compare-o com os exemplos de delayedCov fornecidos. Use como objetivo o comportamento da correlação de Pearson descrito na issue e verifique se entradas equivalentes de matriz e DelayedArray produzem resultados correspondentes sem o erro de tipo numérico.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

When I try cor, I get errors like Error in cor(DelayedArray(x), DelayedArray(y)) : 'x' must be numeric. Am I missing something simple?

If it's not implemented, I have a little function for this and I could send a pull request.

#' Drop-in replacement for cov or cor; tolerates DelayedArray input. Pearson correlation only. 
#'
delayedCov = function(x, y = x, do_cor = F){
  mux = colMeans(x)
  muy = colMeans(y)
  zx = sweep(x, 2, mux, "-")
  zy = sweep(y, 2, muy, "-")
  covxy = t(zx) %*% zy
  covxy = covxy / nrow(x)
  if(do_cor){
    sx = sqrt(colMeans(zx^2))
    sy = sqrt(colMeans(zy^2))
    covxy = Matrix::Diagonal(x = 1/sx) %*% covxy %*% Matrix::Diagonal(x = 1/sy)
  }
  covxy
}
# tests
x = matrix(rnorm(1000), ncol = 10)
y = matrix(rnorm(1000), ncol = 10)
plot(delayedCov(x, y),  cov(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
plot(delayedCov(x, y, do_cor = T),  cor(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
plot(delayedCov(DelayedArray(x), DelayedArray(y), do_cor = T),  cor(x, y)); abline(a = 0, b = 1)
Linguagem predominante
R
Estrelas
29
Forks
12
Nenhum PR com merge em 30d

Guia de contribuição

Nenhum guia de contribuição indexado para este repositório

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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