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possble DelayedArray constructor over `IntegerList` (or other `List`)

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Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
25/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
r
Domaine
data

Piste de recherche

Commencez par le constructeur de DelayedArray et reproduisez l’exemple IntegerList de l’issue en le comparant avec DelayedArray(array(XX)). Déterminez la portée nécessaire pour prendre directement en charge List et vérifiez que le slicing renvoie une IntegerList plutôt qu’une liste ordinaire.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

enhancement

Hi @hpages ,

In the VariantAnnotation package, the CollapsedVCF (or ExpandedVCF) are saving the data entries in IntegerList / CharacterList.... And in the development of VCFArray, we are trying to represent these data entries as DelayedArray instances. Now we are converting the data entries into array to add dimension, and then use the DelayedArray constructor over the array. Is it possible to have the DelayedArray constructor directly work on List object? so that the internal data saving are still using a more efficient way in List structure than the ordinary list? @mtmorgan

 > XX <- IntegerList(c(list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2))))
 > XX
 IntegerList of length 4
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
 [[3]] <NA> <NA>
 [[4]] <NA> <NA>

 > DelayedArray(array(XX))
 <4> DelayedArray object of type "list":          ## the type is ordinary list. 
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(array(XX))[1:2]  
 [[1]]
 [1] NA NA

 [[2]]
 [1] NA NA

## What we want is something like: 

!> DelayedArray(XX)
 <4> DelayedArray object of type "IntegerList":      
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(XX)[1:2]  
 IntegerList of length 2
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
Langage dominant
R
Étoiles
29
Forks
12
Aucune PR mergée en 30 j

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