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possble DelayedArray constructor over `IntegerList` (or other `List`)

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评估

难度
5/5
预计耗时
一周以上
新手友好度
25/100
Issue 类型
功能
描述清晰度
基本清楚
活跃度
停滞
技术栈
r
领域
data

调研方向

从 DelayedArray 构造函数开始,复现 issue 中的 IntegerList 示例,并将其与 DelayedArray(array(XX)) 进行比较。确定直接支持 List 所需的范围,并验证切片返回的是 IntegerList,而不是普通 list。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

enhancement

Hi @hpages ,

In the VariantAnnotation package, the CollapsedVCF (or ExpandedVCF) are saving the data entries in IntegerList / CharacterList.... And in the development of VCFArray, we are trying to represent these data entries as DelayedArray instances. Now we are converting the data entries into array to add dimension, and then use the DelayedArray constructor over the array. Is it possible to have the DelayedArray constructor directly work on List object? so that the internal data saving are still using a more efficient way in List structure than the ordinary list? @mtmorgan

 > XX <- IntegerList(c(list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2)), list(rep(NA, 2))))
 > XX
 IntegerList of length 4
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
 [[3]] <NA> <NA>
 [[4]] <NA> <NA>

 > DelayedArray(array(XX))
 <4> DelayedArray object of type "list":          ## the type is ordinary list. 
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(array(XX))[1:2]  
 [[1]]
 [1] NA NA

 [[2]]
 [1] NA NA

## What we want is something like: 

!> DelayedArray(XX)
 <4> DelayedArray object of type "IntegerList":      
    [1]    [2]    [3]    [4]
 NA, NA NA, NA NA, NA NA, NA

!> DelayedArray(XX)[1:2]  
 IntegerList of length 2
 [[1]] <NA> <NA>
 [[2]] <NA> <NA>
主要语言
R
星标
29
派生
12
PR 合并指标
30 天内没有已合并 PR

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