Format fecal data to relative reads
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- data-engineering
Línea de trabajo
Start by reviewing the fecal_sample_collection entries and the trnL_fecal, weetu_fecal_data, and ITS_fecal_data datasets mentioned in the checklist. Confirm which total-read fields are present, identify the remaining datasets requiring relative reads, and determine the repository's existing approach to data-processing scripts. Done means the remaining total-read fields and relative-read conversions are complete and a reusable script is documented or added.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
We decided to convert raw reads to relative reads for the fecal_data files because the fecal data we will be using as relative reads and converting them to relatives every time will become computationally expensive as the dataset grows. To be able to convert back to raw reads, we are adding total reads to the sample entries in fecal_sample_collection.
-
Add TrnL total reads to fecal_sample_collection
-
Add ITS total reads to fecal_sample_collection
-
Make sure data is in relative reads in trnL_fecal data
-
Make sure data is in relative reads in weetu_fecal_data
-
Make sure data is in relative reads in ITS_fecal_data
-
Write script to make this process simpler in the future
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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