Use UBERON IDs for body-site terms in attributes.tsv

Abierto Apto para principiantes
  • ¿Algo no está bien?
#301 0 comentarios 0 reacciones 0 asignados Ver en GitHub

Los mantenedores suelen responder en 1 día

Nadie ha tomado este issue todavía.

Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
68/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Activo
Stack tecnológico
r
Área
data

Línea de trabajo

Empieza con inst/extdata/attributes.tsv e inspecciona la columna ontology de los grupos habitat y isolation-site. Comprueba si el código lee esa columna; después, actualiza los términos de localización corporal indicados con sus UBERON IDs propuestos y combina las filas duplicadas cuyos valores de ontology estén vacíos. El trabajo estará terminado cuando solo cambien las entradas de ontology previstas y las filas duplicadas, y los nombres de los atributos permanezcan iguales.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

The body-site terms of the habitat and isolation-site groups in inst/extdata/attributes.tsv carry IDs from seven ontologies (NCIT, FMA, EHDAA2, MCO, ZFA, SPD, UBERON), and some have none. BugSigDB records body sites with UBERON, so UBERON IDs would let bugphyzz habitats be matched to BugSigDB body sites. UBERON covers body sites only; environments stay on ENVO and hosts on NCBITaxon.

Proposed IDs

Labels were checked against OLS on 2026-11-11.

bugphyzz term Now UBERON UBERON label
gastrointestinal tract FMA:71132 UBERON:0001555 digestive tract
large intestine NCIT:C12379 UBERON:0000059 large intestine
vagina NCIT:C12407 UBERON:0000996 vagina
nasopharyngeal cavity EHDAA2:0004555 UBERON:0001728 nasopharynx
respiratory system NCIT:C12779 UBERON:0001004 respiratory system
human urine MCO:0000662 UBERON:0001088 urine
oral none UBERON:0000165 mouth
skin NCIT:C12470 UBERON:0002097 skin of body
cerebral spinal fluid ZFA:0001626 UBERON:0001359 cerebrospinal fluid
circulatory system SPD:0000611 UBERON:0001009 circulatory system
feces FMA:64183 UBERON:0001988 feces
rumen NCIT:C98778 UBERON:0007365 rumen
sputum NCIT:C13278 UBERON:0007311 sputum

blood (UBERON:0000178) and foregut (UBERON:0001041) already have UBERON IDs. digestive system would go away if #300 is done; otherwise it needs one as well.

Notes

  • Only the ontology column changes. The attribute names stay, so no data or export changes.
  • Several of these terms have a second row in attributes.tsv with no ontology (rumen, blood, cerebral spinal fluid, circulatory system, digestive system, foregut, intestinal microflora). Merging the duplicates belongs in the same change.
  • I have not checked whether any code reads the ontology column.
  • EFO imports most of these UBERON terms but not feces, rumen, sputum or foregut. That matters only if someone matches through EFO and not UBERON directly.

Raised while adding the Wikipedia source (waldronlab/bugphyzzExports#105).

Written with Claude Code.

Lenguaje dominante
R
Estrellas
6
Forks
6
Merge medio
3 h 17 min
PR fusionados (30 d)
20

Preparar el entorno

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Más de waldronlab/bugphyzz

Todos los issues de waldronlab/bugphyzz

Issues similares

Más issues de R

Recibe los nuevos issues en tu correo

Un resumen breve de issues de GitHub para principiantes.