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curatedMetagenomicData
Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

R · 161 estrellas
lefser
R implementation of the LEfSe method

R · 68 estrellas
HGNChelper
Identify and correct invalid gene symbols

R · 63 estrellas
curatedTCGAData
Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

R · 46 estrellas
cBioPortalData
Integrate the cancer genomics portal, cBioPortal, using MultiAssayExperiment

R · 37 estrellas
curatedMetagenomicDataCuration
Sample Metadata Curation for curatedMetagenomicData

R · 32 estrellas
TCGAutils
Toolbox package for organizing and working with TCGA data

R · 31 estrellas
SingleCellMultiModal
Single Cell multimodal data scripts for downloading datasets

R · 20 estrellas
GSEABenchmarkeR
Reproducible GSEA Benchmarking

R · 14 estrellas
curatedOvarianData
The curatedOvarianData package provides data for gene expression analysis in patients with ovarian cancer

R · 13 estrellas
BugSigDB
A microbial signatures database

PHP · 9 estrellas
CNVRanger
Functionality for CNV analysis

R · 8 estrellas
bugsigdbr
R-side access to published microbial signatures from BugSigDB

R · 6 estrellas
bugphyzz
Harmonized annotation of microbial physiology

R · 6 estrellas
BugSigDBExports
BugSigDB data files

R · 5 estrellas
OmicsMLRepoData
Translate Bioconductor resources into AI/ML-ready format + Manual curation/harmonization of the metadata for improved usability

R · 4 estrellas
bugSigSimple
Simple exploratory analysis of curated microbe signatures

R · 4 estrellas
agent-protocol-standard
Standard to define citable scientific protocols for use by AI agents

Python · 3 estrellas
bedbaser
An R client for bedbase.org

R · 3 estrellas
imageFeatureTCGA

R · 2 estrellas
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

Use omicidx to fill in missing BioProjects and run accessions Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#166 · Abierto el 18/9/2026
biomarker_value pattern rejects negatives, scientific notation and <0.01 Abierto

schema

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#165 · Abierto el 18/9/2026
studies_status.csv splits on commas, so "Korea, Republic of" becomes two values Abierto

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#164 · 1 asignado · Abierto el 18/9/2026
age_group: dictionary says NCIT:C17600, curators used NCIT:C49685 Abierto

schema

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#163 · Abierto el 18/9/2026
Ontology term IDs use NCIT_C… instead of NCIT:C…, in 24,385 cells Abierto

schema

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 72/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#162 · Abierto el 18/9/2026
CI validator silently skips 11 curated studies (glob is *_sample.tsv only) Abierto

bug schema

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#160 · Abierto el 18/9/2026
WenC_2017 with uncovered columns that are not uncurated_-prefixed and more Abierto

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#159 · 1 asignado · Abierto el 18/9/2026
Duplicated experiments become orphaned and do not appear on the main study page Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

waldronlab/BugSigDB#348 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Study page 42278997 does not display study information or controls (Edit, History, Delete, and Add a new Experiment buttons) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/BugSigDB#347 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Content Discrepancies in v1.03: Duplicate titles and guidance mismatches (Items 1.2, 4.11, 4.12) Abierto

waldronlab/stormsmicrobiome#7 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Move data products to Zenodo Abierto

waldronlab/curatedCRCData#4 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Move data products to Zenodo Abierto

waldronlab/curatedOvarianData#9 · 1 asignado · Abierto el 17/9/2026
Add a `validate-protocol` skill Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

waldronlab/agent-protocol-standard#37 · Abierto el 13/9/2026
Add a `create-protocol` skill Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

waldronlab/agent-protocol-standard#35 · Abierto el 13/9/2026
Add an `update-protocol` skill Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

waldronlab/agent-protocol-standard#36 · Abierto el 13/9/2026
Create searchable protocols dashboard (GitHub Pages) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

waldronlab/agent-protocol-standard#33 · Abierto el 13/9/2026
Composite protocol: cross-study meta-analysis of a host covariate in curatedMetagenomicData Abierto

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

waldronlab/agent-protocols#34 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: ANOSIM on a community distance matrix Abierto

atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

waldronlab/agent-protocols#33 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: PERMANOVA on a community distance matrix Abierto

atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#32 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: random forest classification of microbiome profiles Abierto

atomic-protocol machine-learning microbiome

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#31 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: leave-one-dataset-out cross-study validation Abierto

atomic-protocol machine-learning statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#30 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: derive a reference species set for a body site or sample group by prevalence Abierto

atomic-protocol data-curation microbiome

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

waldronlab/agent-protocols#29 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: compute the oral-to-gut enrichment score for new samples Abierto

atomic-protocol bioinformatics microbiome

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#28 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: two-stage hierarchical meta-analysis across diseases Abierto

advanced blocked composite-protocol statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

waldronlab/agent-protocols#27 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: random-effects meta-analysis with the Paule-Mandel heterogeneity estimator Abierto

advanced atomic-protocol statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#26 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: Fisher-Z transformed partial correlations for continuous exposures Abierto

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#25 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: per-dataset covariate-adjusted effect sizes (standardized mean difference) Abierto

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

waldronlab/agent-protocols#24 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: centred log-ratio transformation of compositional abundances Abierto

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 74/100

waldronlab/agent-protocols#23 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: prevalence filtering of microbiome features Abierto

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

waldronlab/agent-protocols#22 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: corpus-level curation statistics for BugSigDB (paper Table 1) Abierto

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 70/100

waldronlab/agent-protocols#21 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: microbe co-occurrence and mutual exclusivity across signatures Abierto

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

waldronlab/agent-protocols#20 · Abierto el 12/9/2026
Composite protocol: benchmark microbe set enrichment methods against each other Abierto

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

waldronlab/agent-protocols#19 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: CBEA: competitive balances for taxonomic enrichment analysis against BugSigDB signatures Abierto

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 64/100

waldronlab/agent-protocols#18 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: PADOG: pathway analysis with down-weighting of overlapping sets against BugSigDB signatures Abierto

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#17 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: Over-representation analysis of microbe sets against BugSigDB signatures Abierto

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

waldronlab/agent-protocols#16 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: resampling test for signature replicability within a condition Abierto

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#15 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: sample-size-weighted metasignature pooling by body site and condition Abierto

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

waldronlab/agent-protocols#14 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: semantic similarity between signatures at mixed taxonomic levels Abierto

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#13 · Abierto el 12/9/2026
Composite protocol: generate a hypothesis from BugSigDB, test it in individual-participant data Abierto

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

waldronlab/agent-protocols#12 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: assemble a case-control cohort from curatedMetagenomicData Abierto

atomic-protocol bioinformatics data-curation good-first-protocol microbiome

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#11 · Abierto el 12/9/2026
Composite protocol: systematic review of BugSigDB signatures for one condition Abierto

blocked composite-protocol microbiome statistics

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

waldronlab/agent-protocols#10 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: cluster and display a signature similarity matrix Abierto

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

waldronlab/agent-protocols#9 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: Jaccard similarity between signatures at a single taxonomic level Abierto

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

waldronlab/agent-protocols#8 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: Monte Carlo critical frequency for recurrent taxa across signatures Abierto

atomic-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

waldronlab/agent-protocols#7 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: taxon frequency table with a binomial test of reported direction Abierto

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 62/100

waldronlab/agent-protocols#6 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: study characteristics table for a set of curated signatures Abierto

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

waldronlab/agent-protocols#5 · Abierto el 12/9/2026
Protocol: assemble and QC a BugSigDB signature subset for a condition Abierto

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

waldronlab/agent-protocols#4 · Abierto el 12/9/2026
Define authentication expectations for private federated nodes Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 65/100

waldronlab/agent-protocol-standard#25 · 1 comentario · Abierto el 11/9/2026
Define a canonical fully-qualified name syntax for protocols Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

waldronlab/agent-protocol-standard#24 · 1 comentario · Abierto el 11/9/2026
Support ad-hoc protocol repositories outside the central registry Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100

waldronlab/agent-protocol-standard#23 · 1 comentario · Abierto el 11/9/2026

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