Use UBERON IDs for body-site terms in attributes.tsv

Đang mở Phù hợp với người mới
  • Có gì không ổn?
#301 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
68/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với inst/extdata/attributes.tsv và kiểm tra cột ontology của các nhóm habitat và isolation-site. Kiểm tra xem mã có đọc cột đó không, sau đó cập nhật các thuật ngữ vị trí cơ thể được liệt kê thành các UBERON ID được đề xuất và gộp các hàng trùng lặp có giá trị ontology trống. Hoàn thành khi chỉ các mục ontology dự kiến và các hàng trùng lặp thay đổi, còn tên thuộc tính vẫn giữ nguyên.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The body-site terms of the habitat and isolation-site groups in inst/extdata/attributes.tsv carry IDs from seven ontologies (NCIT, FMA, EHDAA2, MCO, ZFA, SPD, UBERON), and some have none. BugSigDB records body sites with UBERON, so UBERON IDs would let bugphyzz habitats be matched to BugSigDB body sites. UBERON covers body sites only; environments stay on ENVO and hosts on NCBITaxon.

Proposed IDs

Labels were checked against OLS on 2026-11-11.

bugphyzz term Now UBERON UBERON label
gastrointestinal tract FMA:71132 UBERON:0001555 digestive tract
large intestine NCIT:C12379 UBERON:0000059 large intestine
vagina NCIT:C12407 UBERON:0000996 vagina
nasopharyngeal cavity EHDAA2:0004555 UBERON:0001728 nasopharynx
respiratory system NCIT:C12779 UBERON:0001004 respiratory system
human urine MCO:0000662 UBERON:0001088 urine
oral none UBERON:0000165 mouth
skin NCIT:C12470 UBERON:0002097 skin of body
cerebral spinal fluid ZFA:0001626 UBERON:0001359 cerebrospinal fluid
circulatory system SPD:0000611 UBERON:0001009 circulatory system
feces FMA:64183 UBERON:0001988 feces
rumen NCIT:C98778 UBERON:0007365 rumen
sputum NCIT:C13278 UBERON:0007311 sputum

blood (UBERON:0000178) and foregut (UBERON:0001041) already have UBERON IDs. digestive system would go away if #300 is done; otherwise it needs one as well.

Notes

  • Only the ontology column changes. The attribute names stay, so no data or export changes.
  • Several of these terms have a second row in attributes.tsv with no ontology (rumen, blood, cerebral spinal fluid, circulatory system, digestive system, foregut, intestinal microflora). Merging the duplicates belongs in the same change.
  • I have not checked whether any code reads the ontology column.
  • EFO imports most of these UBERON terms but not feces, rumen, sputum or foregut. That matters only if someone matches through EFO and not UBERON directly.

Raised while adding the Wikipedia source (waldronlab/bugphyzzExports#105).

Written with Claude Code.

Ngôn ngữ chính
R
Star
6
Fork
6
Merge trung bình
3 giờ 17 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
20

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của waldronlab/bugphyzz

Tất cả issue của waldronlab/bugphyzz

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.