Use UBERON IDs for body-site terms in attributes.tsv
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評価
調査の方向性
inst/extdata/attributes.tsvから始め、habitatグループとisolation-siteグループのontology列を確認します。コードがその列を読み取るか確認してから、列挙された部位の用語を提案されたUBERON IDに更新し、ontology値が空の重複行を統合します。完了条件は、意図したontologyエントリと重複行だけが変更され、属性名は変わらないことです。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The body-site terms of the habitat and isolation-site groups in inst/extdata/attributes.tsv carry IDs from seven ontologies (NCIT, FMA, EHDAA2, MCO, ZFA, SPD, UBERON), and some have none. BugSigDB records body sites with UBERON, so UBERON IDs would let bugphyzz habitats be matched to BugSigDB body sites. UBERON covers body sites only; environments stay on ENVO and hosts on NCBITaxon.
Proposed IDs
Labels were checked against OLS on 2026-11-11.
| bugphyzz term | Now | UBERON | UBERON label |
|---|---|---|---|
| gastrointestinal tract | FMA:71132 | UBERON:0001555 | digestive tract |
| large intestine | NCIT:C12379 | UBERON:0000059 | large intestine |
| vagina | NCIT:C12407 | UBERON:0000996 | vagina |
| nasopharyngeal cavity | EHDAA2:0004555 | UBERON:0001728 | nasopharynx |
| respiratory system | NCIT:C12779 | UBERON:0001004 | respiratory system |
| human urine | MCO:0000662 | UBERON:0001088 | urine |
| oral | none | UBERON:0000165 | mouth |
| skin | NCIT:C12470 | UBERON:0002097 | skin of body |
| cerebral spinal fluid | ZFA:0001626 | UBERON:0001359 | cerebrospinal fluid |
| circulatory system | SPD:0000611 | UBERON:0001009 | circulatory system |
| feces | FMA:64183 | UBERON:0001988 | feces |
| rumen | NCIT:C98778 | UBERON:0007365 | rumen |
| sputum | NCIT:C13278 | UBERON:0007311 | sputum |
blood (UBERON:0000178) and foregut (UBERON:0001041) already have UBERON IDs. digestive system would go away if #300 is done; otherwise it needs one as well.
Notes
- Only the
ontologycolumn changes. The attribute names stay, so no data or export changes. - Several of these terms have a second row in
attributes.tsvwith no ontology (rumen,blood,cerebral spinal fluid,circulatory system,digestive system,foregut,intestinal microflora). Merging the duplicates belongs in the same change. - I have not checked whether any code reads the
ontologycolumn. - EFO imports most of these UBERON terms but not feces, rumen, sputum or foregut. That matters only if someone matches through EFO and not UBERON directly.
Raised while adding the Wikipedia source (waldronlab/bugphyzzExports#105).
Written with Claude Code.
- 主要言語
- R
- スター
- 6
- フォーク
- 6
- 平均マージ
- 3時間 17分
- マージ済み PR（30日）
- 20
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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