Explanation for modkit stats output
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- cli, documentation
Línea de trabajo
Start with the documentation or help output for the modkit stats command and trace the definitions of count_valid_x and count_x for bedmethyl input. Clarify how canonical sites and modified sites are counted, including whether a percent-modified threshold determines status; done means both questions have explicit, accurate explanations.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi,
I'm currently trying the modkit stats command and wanted to clarify a couple of things.
From what I understand, count_valid_x corresponds to the number of canonical bases that correspond to a given modification. So when the bedmethyl file contains only CpG sites, the count_valid_m entry corresponds to the number of CpG sites in a given region, right?
Then count_x corresponds to the number of bases that are considered modified. How is the modification status of a single site determined here? Is there a set threshold for the percent modified value from the bedmethyl file?
Thank you!
Best
Vincent
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 280
- Forks
- 35
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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