Samtools code for modkit repair
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Evaluación
- Dificultad
- 1/5
- Tiempo estimado
- Menos de una hora
- Aptitud para principiantes
- 65/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Bien especificado
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- documentation
Línea de trabajo
Comienza con la página de documentación de modkit en intro_repair.html y revisa los comandos para preparar los dos archivos BAM antes de la reparación. Confirma la sintaxis prevista de ordenación de samtools y actualiza los ejemplos para que ambos archivos aparezcan claramente ordenados; la página debe mostrar con precisión los comandos de preprocesamiento requeridos.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
https://nanoporetech.github.io/modkit/intro_repair.html
Commands provided in link above to sort BAM files using samtools prior to repair seem to be missing 'sort':
the two BAM files need to be sorted
samtools -n trimmed.bam -O BAM > trimed_read_sort.bam
samtools -n basecalls_5mC_5hmC.bam -O BAM > basecalls_5mC_5hmC_read_sort.bam
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 280
- Forks
- 35
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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