modkit (0.6.4) pileup - Segmentation fault
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 48/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start by reproducing the crash with modkit 0.6.4 using pileup on the reported modBAM, reference, --modified-bases values, and --allow-non-primary option; compare with the successful command that omits those options. The issue does not name source files or tests, so trace the pileup path that parses these options and handles non-primary alignments. Done means the same input completes without a segmentation fault and produces pileup output.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Dear modkit developers,
I am encountering a "Segmentation fault (core dumped)" error when running modkit pileup on a modBAM file with the --modified-bases and --allow-non-primary options.
This issue does not seem related to a specific mark or the number of threads used. It occurs both when working with a single chromosome and when processing the entire genome. However, omitting the two options mentioned above allows the process to run smoothly.
Could you please help me resolve this issue?
Thank you and best regards,
Mattia
(base) [mfurlan@cnode01 pipelines]$ ${modkitPath}/modkit pileup
${BAMsPaths}/minimap2_filtered.bam
${ResultsPath}/${chr}_pileup.output.bed
--region ${chr}
--threads 1
parsing region chr21
discarded 0 contigs with zero aligned reads
attempting to sample at least 10042 reads
calculating threshold value with probabilites from reads
setting threshold 0.6855469 (qual: 175) for base C, percentile 10, 125760 total probabilites
setting threshold 0.7207031 (qual: 184) for base T, percentile 10, 161779 total probabilites
setting threshold 0.8925781 (qual: 228) for base G, percentile 10, 134269 total probabilites
setting threshold 0.6464844 (qual: 165) for base A, percentile 10, 190579 total probabilites
using general workers
Done, processed 334986 rows.
(base) [mfurlan@cnode01 pipelines]$ head ${ResultsPath}/${chr}_pileup.output.bed
chr21 5035650 5035651 19229 1 + 5035650 5035651 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035651 5035652 19229 1 + 5035651 5035652 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035652 5035653 m 1 + 5035652 5035653 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035652 5035653 19228 1 + 5035652 5035653 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035653 5035654 a 1 + 5035653 5035654 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035653 5035654 17596 1 + 5035653 5035654 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035653 5035654 69426 1 + 5035653 5035654 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035654 5035655 19229 1 + 5035654 5035655 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035655 5035656 17802 1 + 5035655 5035656 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
chr21 5035655 5035656 19227 1 + 5035655 5035656 255,0,0 1 0.00 0 1 0 0 0 0 0
(base) [mfurlan@cnode01 pipelines]$ ${modkitPath}/modkit pileup
${BAMsPaths}/minimap2_filtered.bam
${ResultsPath}/${chr}_pileup.output.bed
--region ${chr}
--threads 1
--reference ${genomeFastaPath}
--modified-bases C:m A:a A:17596 T:17802 C:19228 A:69426 G:19229 T:19227
--allow-non-primary
parsing region chr21
discarded 0 contigs with zero aligned reads
parsed 8 base modification(s). Base modifications other than 'A:17596,A:69426,A:a,C:19228,C:m,G:19229,T:17802,T:19227' will be counted as 'N_other'.
adding single-base motif: 'A 0'
adding single-base motif: 'C 0'
adding single-base motif: 'G 0'
adding single-base motif: 'T 0'
0 B written to output: chr21_pileup.output.bed [0 B/s] Segmentation fault (core dumped)
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 280
- Forks
- 35
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de nanoporetech/modkit
-
bug
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100
nanoporetech/modkit#520 · 2 comentarios ·
-
Samtools code for modkit repairAbiertodocumentation
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 65/100
nanoporetech/modkit#336 · 1 comentario ·
-
troubleshooting
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100
nanoporetech/modkit#728 · 1 comentario ·
-
question
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100
nanoporetech/modkit#725 · 1 comentario ·
-
modkit probability thresholdAbiertoquestion
Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100
nanoporetech/modkit#723 · 2 comentarios ·
Todos los issues de nanoporetech/modkit
Issues similares
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 70/100
FavioVazquez/mollify#62 ·
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 61/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 62/100
fendouai/awesome-deepseek-harness#125 ·
Los mantenedores suelen responder en 4 días
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100
rust-embedded/heapless#694 ·
-
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 75/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día