Explanation for modkit stats output
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- cli, documentation
Direzione di ricerca
Start with the documentation or help output for the modkit stats command and trace the definitions of count_valid_x and count_x for bedmethyl input. Clarify how canonical sites and modified sites are counted, including whether a percent-modified threshold determines status; done means both questions have explicit, accurate explanations.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
I'm currently trying the modkit stats command and wanted to clarify a couple of things.
From what I understand, count_valid_x corresponds to the number of canonical bases that correspond to a given modification. So when the bedmethyl file contains only CpG sites, the count_valid_m entry corresponds to the number of CpG sites in a given region, right?
Then count_x corresponds to the number of bases that are considered modified. How is the modification status of a single site determined here? Is there a set threshold for the percent modified value from the bedmethyl file?
Thank you!
Best
Vincent
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 280
- Fork
- 35
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di nanoporetech/modkit
-
bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
nanoporetech/modkit#520 · 2 commenti ·
-
documentation
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 65/100
nanoporetech/modkit#336 · 1 commento ·
-
troubleshooting
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
nanoporetech/modkit#728 · 1 commento ·
-
bug troubleshooting
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
nanoporetech/modkit#726 · 1 commento ·
-
question
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100
nanoporetech/modkit#725 · 1 commento ·
Tutte le issue di nanoporetech/modkit
Issue simili
-
good first issue gpu serve
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 80/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
documentation E-easy good first issue help wanted
Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 91/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
documentation
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
charles-hood/DiagramCraft#73 ·
-
Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
ontologyportal/sigma-rs#200 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno