Report modifications only matching cannonical reference base
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 68/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start at the modkit pileup command and trace its existing option handling and reference-base lookup. Use the issue’s example and the supplied FASTA context to define which modification calls match the canonical reference base. Done means an option can filter out non-matching calls without requiring manual post-processing.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi, could you please add an option to modkit pileup so it reports only modifications matching canonical reference base?
For example, running all RNA modifications, we get unexpected calls, especially at positions with high coverage.
5S 11 12 m 77 + 11 12 255,0,0 77 11.69 9 67 1 264 7 42 0 <-- unexpected call with 11.69% modification
5S 11 12 19228 77 + 11 12 255,0,0 77 1.30 1 67 9 264 7 42 0
5S 11 12 17802 7584 + 11 12 255,0,0 7584 0.82 62 7341 181 264 35 14 0
5S 11 12 19227 7584 + 11 12 255,0,0 7584 2.39 181 7341 62 264 35 14 0 <-- T modification with 2.39% modification
Filtering them out isn't trivial for transcripts with highly variable coverage without looking up reference base in the FastA.
cheers!
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 280
- Forks
- 35
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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