Explanation for modkit stats output
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評価
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 初心者へのやさしさ
- 45/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
- 領域
- cli, documentation
調査の方向性
Start with the documentation or help output for the modkit stats command and trace the definitions of count_valid_x and count_x for bedmethyl input. Clarify how canonical sites and modified sites are counted, including whether a percent-modified threshold determines status; done means both questions have explicit, accurate explanations.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi,
I'm currently trying the modkit stats command and wanted to clarify a couple of things.
From what I understand, count_valid_x corresponds to the number of canonical bases that correspond to a given modification. So when the bedmethyl file contains only CpG sites, the count_valid_m entry corresponds to the number of CpG sites in a given region, right?
Then count_x corresponds to the number of bases that are considered modified. How is the modification status of a single site determined here? Is there a set threshold for the percent modified value from the bedmethyl file?
Thank you!
Best
Vincent
- 主要言語
- Rust
- スター
- 280
- フォーク
- 35
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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