Sample swap in modkit dmr compare-tx-sites
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 58/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start at the linked pop operations in modkit-core/src/dmr/isoform/mod.rs and trace how compare-tx-sites assigns the two sample count vectors. Run the command on data with known sample ordering and check counts, effect size, and log2 fold change for each sample. Done means the reported values match their sample labels in both directions.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi!
The modkit dmr compare-tx-sites seems to swap samples. It reports the counts of sample a for sample b and vice versa. This reverses also effect size and log2 fold change.
May it be that these lines cause that?
let cond_a_counts = res.isoform_counts.pop().unwrap();
let cond_b_counts = res.isoform_counts.pop().unwrap();
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 280
- Forks
- 35
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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