Sample swap in modkit dmr compare-tx-sites
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 58/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start at the linked pop operations in modkit-core/src/dmr/isoform/mod.rs and trace how compare-tx-sites assigns the two sample count vectors. Run the command on data with known sample ordering and check counts, effect size, and log2 fold change for each sample. Done means the reported values match their sample labels in both directions.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi!
The modkit dmr compare-tx-sites seems to swap samples. It reports the counts of sample a for sample b and vice versa. This reverses also effect size and log2 fold change.
May it be that these lines cause that?
let cond_a_counts = res.isoform_counts.pop().unwrap();
let cond_b_counts = res.isoform_counts.pop().unwrap();
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 276
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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