Sample swap in modkit dmr compare-tx-sites
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 58/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start at the linked pop operations in modkit-core/src/dmr/isoform/mod.rs and trace how compare-tx-sites assigns the two sample count vectors. Run the command on data with known sample ordering and check counts, effect size, and log2 fold change for each sample. Done means the reported values match their sample labels in both directions.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi!
The modkit dmr compare-tx-sites seems to swap samples. It reports the counts of sample a for sample b and vice versa. This reverses also effect size and log2 fold change.
May it be that these lines cause that?
let cond_a_counts = res.isoform_counts.pop().unwrap();
let cond_b_counts = res.isoform_counts.pop().unwrap();
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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