Lack of diversity in the 1ake example prediction by DiG
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 30/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- machine-learning
Línea de trabajo
Comienza con run_inference.py y reproduce la predicción de 1ake con 100 muestras usando checkpoint-520k.pth, los archivos de características y FASTA proporcionados, y el comando del informe. Compara las conformaciones generadas con las estructuras 1ake y 4ake y con el resultado del artículo; se considera terminado cuando se haya explicado la discrepancia y se haya identificado la corrección o documentación adecuada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I tried to use the newly open-sourced DiG code to make 1ake example prediction for 100 samples, but all conformations are mainly around 1ake experimental structure, deviate away from 4ake structure. I think the result is contradictory with the result in your paper. The result is shown in the figure.
To be more specific, the command I used for prediction is
PDBID="1ake"
CKPT_PATH=./checkpoints/checkpoint-520k.pth
FEATURE_PATH=./dataset/${PDBID}.pkl
FASTA_PATH=./dataset/${PDBID}.fasta
OUTDIR=./output/${PDBID}/
mkdir -p ${OUTDIR}
python run_inference.py -c ${CKPT_PATH} -i ${FEATURE_PATH}\
-s ${FASTA_PATH} -o ${PDBID} --output-prefix ${OUTDIR}\
-n 100 --use-gpu --use-tqdm
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 2.5k
- Forks
- 374
- Merge medio
- 14 h 51 min
- PR fusionados (30 d)
- 3
Preparar el entorno
Aún no hemos revisado los archivos de configuración de este proyecto. Empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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