Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Lack of diversity in the 1ake example prediction by DiG

Đang mở
#183 9 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
30/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
machine-learning

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với run_inference.py và tái tạo dự đoán 1ake với 100 mẫu bằng cách sử dụng checkpoint-520k.pth, các tệp feature và FASTA được cung cấp, cùng với lệnh trong báo cáo. So sánh các cấu dạng được tạo ra với các cấu trúc 1ake và 4ake cũng như với kết quả của bài báo; được coi là hoàn thành khi sự khác biệt đã được giải thích và bản sửa lỗi hoặc tài liệu phù hợp đã được xác định.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

I tried to use the newly open-sourced DiG code to make 1ake example prediction for 100 samples, but all conformations are mainly around 1ake experimental structure, deviate away from 4ake structure. I think the result is contradictory with the result in your paper. The result is shown in the figure.
overlay_tmscore_1ake
To be more specific, the command I used for prediction is

PDBID="1ake"
CKPT_PATH=./checkpoints/checkpoint-520k.pth
FEATURE_PATH=./dataset/${PDBID}.pkl
FASTA_PATH=./dataset/${PDBID}.fasta
OUTDIR=./output/${PDBID}/
mkdir -p ${OUTDIR}
python run_inference.py -c ${CKPT_PATH} -i ${FEATURE_PATH}\
 -s ${FASTA_PATH} -o ${PDBID} --output-prefix ${OUTDIR}\
 -n 100 --use-gpu --use-tqdm
Ngôn ngữ chính
Python
Star
2.5k
Fork
374
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của microsoft/Graphormer

Tất cả issue của microsoft/Graphormer

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.