Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

Lack of diversity in the 1ake example prediction by DiG

オープン
#183 コメント 9 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
30/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
停滞
技術スタック
python
領域
machine-learning

調査の方向性

run_inference.py から始め、checkpoint-520k.pth、提供された feature ファイルと FASTA ファイル、およびレポートに記載されたコマンドを使って、100 サンプルの 1ake 予測を再現してください。生成されたコンフォメーションを 1ake と 4ake の構造、および論文の結果と比較してください。不一致が説明され、適切な修正またはドキュメントが特定されれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I tried to use the newly open-sourced DiG code to make 1ake example prediction for 100 samples, but all conformations are mainly around 1ake experimental structure, deviate away from 4ake structure. I think the result is contradictory with the result in your paper. The result is shown in the figure.
overlay_tmscore_1ake
To be more specific, the command I used for prediction is

PDBID="1ake"
CKPT_PATH=./checkpoints/checkpoint-520k.pth
FEATURE_PATH=./dataset/${PDBID}.pkl
FASTA_PATH=./dataset/${PDBID}.fasta
OUTDIR=./output/${PDBID}/
mkdir -p ${OUTDIR}
python run_inference.py -c ${CKPT_PATH} -i ${FEATURE_PATH}\
 -s ${FASTA_PATH} -o ${PDBID} --output-prefix ${OUTDIR}\
 -n 100 --use-gpu --use-tqdm
主要言語
Python
スター
2.5k
フォーク
374
30日以内にマージされた PR はありません

環境構築

このプロジェクトの環境構築ファイルはまだ確認していません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

microsoft/Graphormer のほかの issue

microsoft/Graphormer の issue をすべて見る

似ている issue

Python の issue をもっと見る

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。