Lack of diversity in the 1ake example prediction by DiG
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 30/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- python
调研方向
从 run_inference.py 开始，使用 checkpoint-520k.pth、提供的 feature 和 FASTA 文件以及报告中的命令，复现 100 个样本的 1ake 预测。将生成的构象与 1ake 和 4ake 结构以及论文结果进行比较；当差异得到解释并确定了适当的修正或文档时，即视为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
I tried to use the newly open-sourced DiG code to make 1ake example prediction for 100 samples, but all conformations are mainly around 1ake experimental structure, deviate away from 4ake structure. I think the result is contradictory with the result in your paper. The result is shown in the figure.
To be more specific, the command I used for prediction is
PDBID="1ake"
CKPT_PATH=./checkpoints/checkpoint-520k.pth
FEATURE_PATH=./dataset/${PDBID}.pkl
FASTA_PATH=./dataset/${PDBID}.fasta
OUTDIR=./output/${PDBID}/
mkdir -p ${OUTDIR}
python run_inference.py -c ${CKPT_PATH} -i ${FEATURE_PATH}\
-s ${FASTA_PATH} -o ${PDBID} --output-prefix ${OUTDIR}\
-n 100 --use-gpu --use-tqdm
- 主要语言
- Python
- 星标
- 2.5k
- 派生
- 374
- 平均合并
- 14 小时 51 分钟
- 30 天内合并 PR
- 3
环境准备
我们还没有检查这个项目的环境配置文件。先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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