Lack of diversity in the 1ake example prediction by DiG
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- machine-learning
Direzione di ricerca
Inizia con run_inference.py e riproduci la predizione 1ake con 100 campioni usando checkpoint-520k.pth, i file di feature e FASTA forniti e il comando nel report. Confronta le conformazioni generate con le strutture 1ake e 4ake e con il risultato dell'articolo; il lavoro è completato quando la discrepanza è spiegata e viene identificata la correzione o documentazione appropriata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I tried to use the newly open-sourced DiG code to make 1ake example prediction for 100 samples, but all conformations are mainly around 1ake experimental structure, deviate away from 4ake structure. I think the result is contradictory with the result in your paper. The result is shown in the figure.
To be more specific, the command I used for prediction is
PDBID="1ake"
CKPT_PATH=./checkpoints/checkpoint-520k.pth
FEATURE_PATH=./dataset/${PDBID}.pkl
FASTA_PATH=./dataset/${PDBID}.fasta
OUTDIR=./output/${PDBID}/
mkdir -p ${OUTDIR}
python run_inference.py -c ${CKPT_PATH} -i ${FEATURE_PATH}\
-s ${FASTA_PATH} -o ${PDBID} --output-prefix ${OUTDIR}\
-n 100 --use-gpu --use-tqdm
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 2.5k
- Fork
- 374
- Merge medio
- 14h 51m
- PR unite (30g)
- 3
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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