Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

Reading Location files gives unhelpful error

Abierto
  • ¿Algo no está bien?
#261 3 comentarios 0 reacciones 0 asignados Ver en GitHub

Nadie ha tomado este issue todavía.

Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
38/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
data, machine-learning

Línea de trabajo

Comienza en deepprofiler/dataset/image_dataset.py, especialmente leyendo read_dataset y prepare_training_locations, donde el traceback llega a pandas.concat. Reproduce el fallo con archivos de ubicación ausentes o con un formato incorrecto, o con entradas problemáticas en index.csv. Se considera completado cuando el error identifica los archivos ausentes o los valores problemáticos, en lugar de informar únicamente "No objects to concatenate".

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

I have managed to either corrupt my location files or my index.csv in such a way that this error appears. Unfortunately it is quite unhelpful since one does not know which files are missing or where the problem lies.

Ideally, DP would check if location files exist and include the missing file or values in the error message.

None
{'BRD-K68867920-051-11-5': 0, 'BRD-K74363950-004-01-0': 1, 'BRD-K75958547-238-01-0': 2, 'DMSO': 3}
Reading single-cell locations
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python3.6/runpy.py", line 193, in _run_module_as_main
    "__main__", mod_spec)
  File "/usr/lib/python3.6/runpy.py", line 85, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "deepprofiler/__main__.py", line 197, in <module>
    cli(obj={})
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1137, in __call__
    return self.main(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1062, in main
    rv = self.invoke(ctx)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1668, in invoke
    return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1404, in invoke
    return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 763, in invoke
    return __callback(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/decorators.py", line 26, in new_func
    return f(get_current_context(), *args, **kwargs)
  File "deepprofiler/__main__.py", line 162, in train
    dset = deepprofiler.dataset.image_dataset.read_dataset(context.obj["config"], mode='train')
  File "/DeepProfiler/deepprofiler/dataset/image_dataset.py", line 243, in read_dataset
    dset.prepare_training_locations()
  File "/DeepProfiler/deepprofiler/dataset/image_dataset.py", line 74, in prepare_training_locations
    locations = pd.concat(locations)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/core/reshape/concat.py", line 284, in concat
    sort=sort,
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/core/reshape/concat.py", line 331, in __init__
    raise ValueError("No objects to concatenate")
ValueError: No objects to concatenate
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
129
Forks
52
Merge medio
5 h 20 min
PR fusionados (30 d)
2

Preparar el entorno

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Más de cytomining/DeepProfiler

Todos los issues de cytomining/DeepProfiler

Issues similares

Más issues de Python

Recibe los nuevos issues en tu correo

Un resumen breve de issues de GitHub para principiantes.