Reading Location files gives unhelpful error
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 38/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
- 領域
- data, machine-learning
調査の方向性
deepprofiler/dataset/image_dataset.py から始め、特に read_dataset と prepare_training_locations を読み、traceback が pandas.concat に到達する箇所を確認します。位置情報ファイルの欠落または不正な形式、あるいは index.csv の問題のあるエントリによって失敗を再現します。エラーが単に "No objects to concatenate" と報告するのではなく、欠落しているファイルまたは問題のある値を特定すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I have managed to either corrupt my location files or my index.csv in such a way that this error appears. Unfortunately it is quite unhelpful since one does not know which files are missing or where the problem lies.
Ideally, DP would check if location files exist and include the missing file or values in the error message.
None
{'BRD-K68867920-051-11-5': 0, 'BRD-K74363950-004-01-0': 1, 'BRD-K75958547-238-01-0': 2, 'DMSO': 3}
Reading single-cell locations
Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python3.6/runpy.py", line 193, in _run_module_as_main
"__main__", mod_spec)
File "/usr/lib/python3.6/runpy.py", line 85, in _run_code
exec(code, run_globals)
File "deepprofiler/__main__.py", line 197, in <module>
cli(obj={})
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1137, in __call__
return self.main(*args, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1062, in main
rv = self.invoke(ctx)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1668, in invoke
return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1404, in invoke
return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 763, in invoke
return __callback(*args, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/decorators.py", line 26, in new_func
return f(get_current_context(), *args, **kwargs)
File "deepprofiler/__main__.py", line 162, in train
dset = deepprofiler.dataset.image_dataset.read_dataset(context.obj["config"], mode='train')
File "/DeepProfiler/deepprofiler/dataset/image_dataset.py", line 243, in read_dataset
dset.prepare_training_locations()
File "/DeepProfiler/deepprofiler/dataset/image_dataset.py", line 74, in prepare_training_locations
locations = pd.concat(locations)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/core/reshape/concat.py", line 284, in concat
sort=sort,
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/core/reshape/concat.py", line 331, in __init__
raise ValueError("No objects to concatenate")
ValueError: No objects to concatenate
- 主要言語
- Python
- スター
- 130
- フォーク
- 52
- 平均マージ
- 15時間 20分
- マージ済み PR（30日）
- 4
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
cytomining/DeepProfiler のほかの issue
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100
cytomining/DeepProfiler#360 · コメント 5 件 ·
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100
cytomining/DeepProfiler#359 ·
-
DeepProfiler produces incorrect crops if provided with images of different sizes再び着手できるかも このイシューのプルリクエストはマージされずにクローズされました。 オープン
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 25/100
cytomining/DeepProfiler#355 · コメント 1 件 ·
-
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
cytomining/DeepProfiler#352 · コメント 3 件 ·
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100
cytomining/DeepProfiler#347 · コメント 3 件 ·
cytomining/DeepProfiler の issue をすべて見る
似ている issue
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 77/100
TomerAberbach/profiler-md#733 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
its-me-prash/vwgroup-connect-ha#1858 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
area: client bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
Deleting all alarms or timers shows deleted ones until the next update when there are none leftオープンbug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 85/100
leikoilja/ha-google-home#1107 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 76/100
Graphify-Labs/graphify#4524 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信