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Reading Location files gives unhelpful error

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
38/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data, machine-learning

Direzione di ricerca

Inizia da deepprofiler/dataset/image_dataset.py, leggendo in particolare read_dataset e prepare_training_locations, dove il traceback arriva a pandas.concat. Riproduci il problema con file di posizione mancanti o malformati oppure con voci problematiche in index.csv. Il lavoro è completato quando l’errore identifica i file mancanti o i valori problematici invece di segnalare soltanto "No objects to concatenate".

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I have managed to either corrupt my location files or my index.csv in such a way that this error appears. Unfortunately it is quite unhelpful since one does not know which files are missing or where the problem lies.

Ideally, DP would check if location files exist and include the missing file or values in the error message.

None
{'BRD-K68867920-051-11-5': 0, 'BRD-K74363950-004-01-0': 1, 'BRD-K75958547-238-01-0': 2, 'DMSO': 3}
Reading single-cell locations
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python3.6/runpy.py", line 193, in _run_module_as_main
    "__main__", mod_spec)
  File "/usr/lib/python3.6/runpy.py", line 85, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "deepprofiler/__main__.py", line 197, in <module>
    cli(obj={})
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1137, in __call__
    return self.main(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1062, in main
    rv = self.invoke(ctx)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1668, in invoke
    return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 1404, in invoke
    return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/core.py", line 763, in invoke
    return __callback(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/click/decorators.py", line 26, in new_func
    return f(get_current_context(), *args, **kwargs)
  File "deepprofiler/__main__.py", line 162, in train
    dset = deepprofiler.dataset.image_dataset.read_dataset(context.obj["config"], mode='train')
  File "/DeepProfiler/deepprofiler/dataset/image_dataset.py", line 243, in read_dataset
    dset.prepare_training_locations()
  File "/DeepProfiler/deepprofiler/dataset/image_dataset.py", line 74, in prepare_training_locations
    locations = pd.concat(locations)
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/core/reshape/concat.py", line 284, in concat
    sort=sort,
  File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/core/reshape/concat.py", line 331, in __init__
    raise ValueError("No objects to concatenate")
ValueError: No objects to concatenate
Lingua principale
Python
Stelle
129
Fork
52
Merge medio
5h 20m
PR unite (30g)
2

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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