CCBR/Tools

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Utilities for CCBR Bioinformatics Software 🛠️

Estrellas: 1
Forks: 0
Issues abiertos para principiantes: 1
Issues indexados: 18
Merge medio: 1 d 18 h
PR fusionados (30 d): 7

Lenguaje dominante: Python
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 18/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Add shared pipeline logging/state-marker bash library for ASPEN/CARLISLE Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

CCBR/Tools#230 · Abierto el 17/9/2026
Link Checker Report Abierto

automated issue report

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 66/100

CCBR/Tools#226 · Abierto el 5/9/2026
Link Checker Report Abierto

automated issue report

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

CCBR/Tools#214 · Abierto el 5/8/2026
support setting nxf env vars on the fly Abierto

CCBR/Tools#212 · 1 asignado · Abierto el 17/7/2026
install xavier's python deps Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/Tools#209 · Abierto el 8/7/2026
ensure correct mamba env is used for installation Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/Tools#208 · Abierto el 8/7/2026
Link Checker Report Abierto

automated issue report

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

CCBR/Tools#207 · Abierto el 5/7/2026
add a check to install script -- make sure python bin is under /data/CCBR_Pipeliner Abierto

bug

CCBR/Tools#205 · 1 asignado · Abierto el 1/7/2026
install cmd needs to use git ssh on biowulf Abierto

bug

CCBR/Tools#201 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 16/6/2026
ModuleNotFoundError: No module named 'rpds.rpds' error Abierto

bug

CCBR/Tools#199 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 12/6/2026
ccbr_tools install on helix: 'Cluster' object has no attribute 'GROUP' Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

CCBR/Tools#179 · Abierto el 12/5/2026
jobby: report queued time Abierto

enhancement

CCBR/Tools#159 · 1 asignado · Abierto el 12/3/2026
snakemake init & run commands Abierto

CCBR/Tools#130 · 1 asignado · Abierto el 1/12/2025
create OnComplete script for snakemake pipelines Abierto

CCBR/Tools#121 · 1 asignado · Abierto el 1/10/2025
container image caching (like `renee cache`) for nextflow & snakemake pipelines Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/Tools#17 · Abierto el 25/10/2024
add helper for singularity bind paths Abierto

enhancement

CCBR/Tools#16 · 1 asignado · Abierto el 10/10/2024
spooker: add hpc platform to metadata Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/Tools#14 · Abierto el 26/9/2024
jobby: no path to std_err for jobs in FRCE Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

CCBR/Tools#4 · Abierto el 23/5/2024

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