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nf-core/sarek

Analysis pipeline to detect germline or somatic variants (pre-processing, variant calling and annotation) from WGS / targeted sequencing

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13.08.2026
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Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag
enhancementgood first issue
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nf-core / sarek · #1883 · 02.05.2025 · Nextflow · 589 Sterne

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Tutorial: CNV calling
enhancementhelp wanted
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nf-core / sarek · #1713 · 30.10.2024 · Nextflow · 589 Sterne

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Proposals for Sarek Tutorials on use-cases
docshelp wantedtesting
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nf-core / sarek · #1704 · 28.10.2024 · Nextflow · 589 Sterne

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Get a full nf-test report in cis
enhancementhelp wanted
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nf-core / sarek · #1699 · 28.10.2024 · Nextflow · 589 Sterne

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No status is 0 - but contains tumor only sample error message
bughelp wanted
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nf-core / sarek · #1685 · 11.10.2024 · Nextflow · 589 Sterne

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joint genotyping optimal strategy
help wanted
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nf-core / sarek · #923 · 25.01.2023 · Nextflow · 589 Sterne

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