nf-core/sarek

Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag

Offen

#1.883 geöffnet am 02.05.2025

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Beschreibung

Description of feature

Would it be possible to expose the --alleles flag for gatk mutect2 force-calling. This would allow the user to provide a reference vcf of variants on which to force call mutations in the sample of interest.

Contributor Guide

Research-Richtung
Finden Sie die Mutect2 Prozessdefinition in der Pipeline, fügen Sie den Parameter alleles zum Befehl hinzu und aktualisieren Sie alle zugehörigen Konfigurationsdateien.
Tech Stack
Keine
Domain
data
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Frisch
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Nextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
70