nf-core/sarek

Proposals for Sarek Tutorials on use-cases

Offen

#1.704 geöffnet am 28.10.2024

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Beschreibung

@edmundmiller and friends :) this is a placeholder to collect ideas to realise additional tutorials on use-cases of sarek Variant Calling is currently being integrated (http://lescai-teaching.github.io/sarek-tutorial/) into sarek repo usage docs. Similar things could be realised for:

  • CNV calling
  • UMI somatic variant calling [ propose others here]

Contributor Guide

Research-Richtung
Identifizieren Sie häufige Anwendungsfälle für sarek über die Standard Variantenbestimmung hinaus, wie z.B. CNV Bestimmung und UMI somatische Variantenbestimmung, und schlagen Sie Tutorial Themen vor.
Tech Stack
Keine
Domain
documentation
Issue Type
Dokumentation
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
Unter 1 Stunde
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Keine
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
75