nf-core/sarek

No status is 0 - but contains tumor only sample error message

Offen

#1.685 geöffnet am 11.10.2024

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Beschreibung

Description of the bug

The sample-sheet only contains tumor-samples, but the following tools, which were requested by the option "tools", expect at least one normal-sample : deepvariant, haplotypecaller

while running with a samplesheet with no status and these tools

Command used and terminal output

No response

Relevant files

No response

System information

No response

Contributor Guide

Research-Richtung
Lokalisieren Sie den Validierungscode für das Sample Sheet und verfolgen Sie, wie die Anforderung einer normalen Probe für die aufgelisteten Tools erzwungen wird. Erwägen Sie, die Validierung so zu ändern, dass nur Tumorproben zugelassen werden, wenn keine geeigneten Tools ausgewählt sind.
Tech Stack
Keine
Domain
data
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Git
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
75