`petablint` fails for PEtab v2 problems with only warnings
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評価
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
調査の方向性
Read the petab/petablint.py exit handling and compare it with the PEtab v1 behavior described in the issue. Check how validation_issues.has_errors() is used and run petablint on a v2 problem that produces only warnings. Done means warnings are logged while the command exits successfully; errors should still produce exit code 1.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
For PEtab v2 problems, petablint exits with 1 if lint_problem returns any issues, including warnings (petab/petablint.py, if validation_issues: ... sys.exit(1)). For PEtab v1, only errors make it fail.
For example, unused conditions are allowed by the specification, and CheckUnusedConditions reports them as WARNING, but petablint still fails:
$ petablint problem.yaml; echo $?
WARNING: Conditions {'pred2', 'pred3', 'pred4', 'pred5'} are not used in the experiments table. [CheckUnusedConditions]
1
(Giordano_Nature2020 from the benchmark collection converted with petab1to2; same for Fujita_SciSignal2010.)
This makes petablint unusable for CI checks of valid v2 problems. Suggested fix: always log the issues, but exit with 1 only if validation_issues.has_errors(). If failing on warnings is wanted, it could be an opt-in flag.
🤖 Generated by an AI agent (Claude Code)
- 主要言語
- Python
- スター
- 18
- フォーク
- 9
- 平均マージ
- 2日 4時間
- マージ済み PR（30日）
- 30
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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