`petablint` fails for PEtab v2 problems with only warnings
Mantenedores costumam responder em até 1 dia
Avaliação
- Dificuldade
- 2/5
- Tempo estimado
- 1-3 horas
- Facilidade para iniciantes
- 35/100
Direção de pesquisa
Read the petab/petablint.py exit handling and compare it with the PEtab v1 behavior described in the issue. Check how validation_issues.has_errors() is used and run petablint on a v2 problem that produces only warnings. Done means warnings are logged while the command exits successfully; errors should still produce exit code 1.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
For PEtab v2 problems, petablint exits with 1 if lint_problem returns any issues, including warnings (petab/petablint.py, if validation_issues: ... sys.exit(1)). For PEtab v1, only errors make it fail.
For example, unused conditions are allowed by the specification, and CheckUnusedConditions reports them as WARNING, but petablint still fails:
$ petablint problem.yaml; echo $?
WARNING: Conditions {'pred2', 'pred3', 'pred4', 'pred5'} are not used in the experiments table. [CheckUnusedConditions]
1
(Giordano_Nature2020 from the benchmark collection converted with petab1to2; same for Fujita_SciSignal2010.)
This makes petablint unusable for CI checks of valid v2 problems. Suggested fix: always log the issues, but exit with 1 only if validation_issues.has_errors(). If failing on warnings is wanted, it could be an opt-in flag.
🤖 Generated by an AI agent (Claude Code)
- Linguagem predominante
- Python
- Estrelas
- 18
- Forks
- 9
- Merge médio
- 1d 8h
- PRs com merge (30d)
- 21
Preparar o ambiente
- Sem Dockerfile nem arquivo Docker Compose
- Sem modelo de pull request
- Ler o guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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