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Make cookbook materials fetchables

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Bewertung

Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit
35/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
jupyter-notebook
Bereich
cli, documentation

Rechercherichtung

Beginne mit openfecli/fetchables.py, um vorhandene Muster für abrufbare Ressourcen zu untersuchen, und sieh dir anschließend die Cookbook-Notebooks sowie die in der Issue genannten duplizierten Eingabedateien an. Koordiniere das OpenFE-Release und die Versionsaktualisierung in ExampleNotebooks, bevor du die Setup-Zeilen der Notebooks änderst. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn die erforderlichen Cookbook-Eingaben über OpenFE heruntergeladen werden und ein einzelnes Notebook ohne Repository-Klon oder Tarball funktioniert.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Follow-up on #84: There should be a single source of truth for cookbook input files (SDFs, PDBs, etc.) instead of having a copy in, e.g., the OpenFE test suite, with a duplicate stored here.

We could then make the first line of each notebook be ! openfe fetch cookbook-files — this could be either a fetchable per-notebook or a single fetchable to download all cookbook notebooks.

This would have the advantage that even a download of a single notebook would be self-contained, instead of requiring users to download a tarball/clone of the repo.

Steps to make this happen:

  1. Create the fetchables in the OpenFE CLI. See fetchables.py for examples
  2. Cut a release of OpenFE, update ExampleNotebooks to use that OpenFE version.
  3. Update the cookbook notebooks here to download the required files.
Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
70
Forks
15
Ø Merge
4 T. 11 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
4

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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