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Make cookbook materials fetchables

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Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Facilidade para iniciantes
35/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
jupyter-notebook
Domínio
cli, documentation

Direção de pesquisa

Comece por openfecli/fetchables.py para examinar os padrões existentes de recursos obtíveis e, em seguida, inspecione os notebooks do cookbook e os arquivos de entrada duplicados mencionados na issue. Coordene o release do OpenFE e a atualização de versão em ExampleNotebooks antes de alterar as linhas de configuração dos notebooks. Está concluído quando as entradas necessárias do cookbook forem baixadas por meio do OpenFE e um único notebook funcionar sem um clone do repositório ou um tarball.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

Follow-up on #84: There should be a single source of truth for cookbook input files (SDFs, PDBs, etc.) instead of having a copy in, e.g., the OpenFE test suite, with a duplicate stored here.

We could then make the first line of each notebook be ! openfe fetch cookbook-files — this could be either a fetchable per-notebook or a single fetchable to download all cookbook notebooks.

This would have the advantage that even a download of a single notebook would be self-contained, instead of requiring users to download a tarball/clone of the repo.

Steps to make this happen:

  1. Create the fetchables in the OpenFE CLI. See fetchables.py for examples
  2. Cut a release of OpenFE, update ExampleNotebooks to use that OpenFE version.
  3. Update the cookbook notebooks here to download the required files.
Linguagem predominante
Jupyter Notebook
Estrelas
70
Forks
15
Merge médio
4d 2h
PRs com merge (30d)
6

Preparar o ambiente

Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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