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Make cookbook materials fetchables

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
jupyter-notebook
Área
cli, documentation

Línea de trabajo

Comienza con openfecli/fetchables.py para revisar los patrones existentes de recursos descargables y, después, inspecciona los notebooks del cookbook y los archivos de entrada duplicados mencionados en la issue. Coordina el lanzamiento de OpenFE y la actualización de versión en ExampleNotebooks antes de cambiar las líneas de configuración de los notebooks. Se considera terminado cuando las entradas necesarias del cookbook se descargan mediante OpenFE y un único notebook funciona sin un clon del repositorio ni un tarball.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Follow-up on #84: There should be a single source of truth for cookbook input files (SDFs, PDBs, etc.) instead of having a copy in, e.g., the OpenFE test suite, with a duplicate stored here.

We could then make the first line of each notebook be ! openfe fetch cookbook-files — this could be either a fetchable per-notebook or a single fetchable to download all cookbook notebooks.

This would have the advantage that even a download of a single notebook would be self-contained, instead of requiring users to download a tarball/clone of the repo.

Steps to make this happen:

  1. Create the fetchables in the OpenFE CLI. See fetchables.py for examples
  2. Cut a release of OpenFE, update ExampleNotebooks to use that OpenFE version.
  3. Update the cookbook notebooks here to download the required files.
Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
70
Forks
15
Merge medio
10 h 42 min
PR fusionados (30 d)
2

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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