3D positions of cells being displayed incorrectly
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Anfängerfreundlichkeit
- 42/100
- Issue-Typ
- Bug
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Tech-Stack
- javascript
- Bereich
- computer-graphics, frontend
Rechercherichtung
Reproduziere das Problem, indem du einen Workspace aus dem verlinkten Repository erstellst und NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml importierst. Vergleiche die angezeigten Zellkoordinaten mit dem NeuroML-Export und NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, insbesondere die y-Position und den ynorm-Wert der Pyramidenzelle. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die importierte 3D-Ansicht das Soma der Pyramidenzelle konsistent unterhalb der Korbzelle platziert.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):
However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):
The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.
Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29
Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?
- Vorherrschende Sprache
- JavaScript
- Sterne
- 23
- Forks
- 10
- PR-Merge-Kennzahlen
- Keine gemergten PRs in 30 T.
Entwicklungsumgebung
- Enthält ein Dockerfile oder eine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Kein Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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