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3D positions of cells being displayed incorrectly

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评估

难度
4/5
预计耗时
3-5 天
新手友好度
42/100
Issue 类型
缺陷
描述清晰度
基本清楚
活跃度
停滞
技术栈
javascript
领域
computer-graphics, frontend

调研方向

通过从链接的 repository 创建 workspace 并导入 NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml 来复现该问题。将显示的细胞坐标与 NeuroML 导出结果和 NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json 进行比较，尤其关注 pyramidal cell 的 y 位置和 ynorm 值。当导入的 3D 视图根据源数据始终将 pyramidal soma 放置在 basket cell 下方时，即表示完成。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):

TwoCell net

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

主要语言
JavaScript
星标
23
派生
10
30 天内没有已合并 PR

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