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3D positions of cells being displayed incorrectly

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Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Facilidade para iniciantes
42/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
javascript
Domínio
computer-graphics, frontend

Direção de pesquisa

Reproduza o problema criando um workspace a partir do repositório vinculado e importando NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Compare as coordenadas das células exibidas com a exportação do NeuroML e NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, especialmente a posição y e o valor ynorm da célula piramidal. A tarefa estará concluída quando a visualização 3D importada posicionar consistentemente o soma da célula piramidal abaixo da célula em cesta, de acordo com os dados de origem.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):

TwoCell net

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

Linguagem predominante
JavaScript
Estrelas
23
Forks
10
Nenhum PR com merge em 30d

Preparar o ambiente

  • Inclui um Dockerfile ou arquivo Docker Compose
  • Sem modelo de pull request
  • Sem guia de contribuição

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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