3D positions of cells being displayed incorrectly
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 42/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- javascript
- Área
- computer-graphics, frontend
Línea de trabajo
Reproduce el problema creando un workspace desde el repositorio enlazado e importando NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Compara las coordenadas de las células mostradas con la exportación de NeuroML y NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, especialmente la posición y y el valor ynorm de la célula piramidal. Se considera completado cuando la vista 3D importada coloca de forma consistente el soma de la célula piramidal debajo de la célula en cesta, de acuerdo con los datos de origen.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):
However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):
The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.
Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29
Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?
- Lenguaje dominante
- JavaScript
- Estrellas
- 23
- Forks
- 10
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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