Hacktoberfest 2026 : les issues que les mainteneurs ont marquées pour octobre, ouvertes et accessibles aux débutants. Parcourir les issues Hacktoberfest

3D positions of cells being displayed incorrectly

Ouverte
  • Quelque chose ne va pas ?
#794 2 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

Évaluation

Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Accessibilité débutants
42/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Plutôt claire
Activité
À l'abandon
Stack technique
javascript
Domaine
computer-graphics, frontend

Piste de recherche

Reproduisez le problème en créant un workspace à partir du dépôt lié et en important NeuroML2/TwoCells/TwoCell.net.nml. Comparez les coordonnées des cellules affichées avec l’export NeuroML et NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json, en particulier la position y et la valeur ynorm de la cellule pyramidale. Le travail est considéré comme terminé lorsque la vue 3D importée place systématiquement le soma de la cellule pyramidale sous la cellule en panier, conformément aux données sources.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

This NeuroML file contains 2 cells, a basket cell on the left (at the origin) and a pyramidal cell on the right (at <location x="400.0" y="-200.0" z="0.0"/>). The soma of the pyramidal cell should be below the basket cell as shown in this export of the cell from NML (use: pynml -png TwoCell.net.nml, see here):

TwoCell net

However when this is imported into NetPyNE (e.g. by creating a workspace from https://v2.opensourcebrain.org/repositories/14 and importing the NML file above) the soma is above the basket cell (left below):

Screenshot 2023-12-19 at 16 19 43

The correct position seems to be in netpyne's memory, as the right panel shows its own 3D view, with the yellow dot on the right for the pyramidal cell at the right locaion.

Also a json file exported from the neuroml version has the right location: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/TwoCells/LEMS_TwoCell_netpyne_data.json#L29

Is it possibly the issue is to do with the "ynorm": -2.0 linked above, as the y position looks like it is wrongly multiplied by -2?

Langage dominant
JavaScript
Étoiles
23
Forks
10
Aucune PR mergée en 30 j

Préparer son environnement

  • Fournit un Dockerfile ou un fichier Docker Compose
  • Aucun modèle de pull request
  • Aucun guide de contribution

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Autres issues de MetaCell/NetPyNE-UI

Toutes les issues de MetaCell/NetPyNE-UI

Issues similaires

Plus d'issues JavaScript

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.