Move chunking utilities from HDF5Array to DelayedArray?

Offen

#93 erstellt am 01.5.2021 0 Kommentare 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 5/5
Geschätzter Aufwand: Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit: 25/100

Issue-Typ: Refactoring
Klarheit: Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: r
Bereich: data

Rechercherichtung

Beginne damit, setHDF5DumpChunkLength, setHDF5DumpChunkShape und die zugehörigen automatischen Helfer für Chunk-Dimensionen in HDF5Array zu finden, und vergleiche dann, was DelayedArray zur Wiederverwendung bereitstellt. Prüfe die vorgeschlagenen Anforderungen von TileDBArray, DelayedRandomArray und SparseArray, mit issue #89 als Kontext; als erledigt gilt die Aufgabe, wenn ein wiederverwendbares Chunking-Design vereinbart wurde, das diese Backends unterstützt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Here I'm talking about setHDF5DumpChunkLength, setHDF5DumpChunkShape, and whatever extra functions are used to auto-choose "sensible" chunk dimensions for the HDF5 arrays. Can these be moved to DelayedArray for re-use by other backends? I would then be able to use this in TileDBArray and DelayedRandomArray, and I imagine there would also be some kind of re-use for SparseArray. In addition to making backend development easier, it could also improve efficiency by ensuring that interactions between different backends involve the same chunk dimensions. An obvious example is #89, where we could encourage consistency in chunks between the RandomNormMatrix and HDF5Matrix for optimal writing speed.

Vorherrschende Sprache: R
Sterne: 29
Forks: 12
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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