convert CmdStan CSV output to R dump format input
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评估
- 难度
- 5/5
- 预计耗时
- 一周以上
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- cpp
- 领域
- cli, documentation
调研方向
首先检查现有的 bin/print 命令和 CmdStan 手册。跟踪 CmdStan CSV 输出的表示方式，包括整数类型的生成量，并确定用于生成 R dump 输入的命令接口。完成的标准是：转换能够用于 Bernoulli 示例，并且手册记录其在模拟伪数据和后验预测检查中的用法。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Moved from https://github.com/stan-dev/stan/issues/544
In order to perform fake data simulation or posterior predictive checking, it would be nice to be able to convert the output of a Stan model from CSV format to the input for a Stan model in R dump format.
This should be structured as a command parallel to bin/print that does the conversion of an output CSV file. An alternative would be to have a model call argument that would produce R dump output.
The manual for CmdStan needs to be updated to show how to use this function. This will enable us to write a chapter in the manual on fake data and posterior predictive checks.
Be careful about type of the columns --- if there are integer generated quantities, the output can be integers.
For example, for the Bernoulli model in the introduction, a fake-data generator should look like:
data {
int<lower=0> N;
real<lower=0, upper=1> theta;
}
generated quantities {
int<lower=0,upper=1> y[N];
for (n in 1:N)
y[n] <- bernoulli_rng(theta);
}
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- To run this, we need both the output of running the Bernoulli model and a value for
Nin order to provide input for this model - Doing proper posterior model generation will require empty parameters and model blocks, so update the parser so that this works (or link to a different issue); @betanalpha is working on a feature for this with a dummy sampler that can handle empty parameter vectors
- 主要语言
- C++
- 星标
- 240
- 派生
- 105
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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