convert CmdStan CSV output to R dump format input

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#511 12 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
cpp
Lĩnh vực
cli, documentation

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng việc kiểm tra lệnh bin/print hiện có và tài liệu hướng dẫn CmdStan. Truy vết cách biểu diễn đầu ra CSV của CmdStan, bao gồm các đại lượng được sinh có kiểu số nguyên, và xác định giao diện lệnh để tạo đầu vào R dump. Công việc được xem là hoàn tất khi việc chuyển đổi hoạt động với ví dụ Bernoulli và tài liệu hướng dẫn mô tả cách sử dụng nó cho mô phỏng dữ liệu giả và kiểm tra dự báo hậu nghiệm.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

enhancement

Moved from https://github.com/stan-dev/stan/issues/544

In order to perform fake data simulation or posterior predictive checking, it would be nice to be able to convert the output of a Stan model from CSV format to the input for a Stan model in R dump format.

This should be structured as a command parallel to bin/print that does the conversion of an output CSV file. An alternative would be to have a model call argument that would produce R dump output.

The manual for CmdStan needs to be updated to show how to use this function. This will enable us to write a chapter in the manual on fake data and posterior predictive checks.

Be careful about type of the columns --- if there are integer generated quantities, the output can be integers.

For example, for the Bernoulli model in the introduction, a fake-data generator should look like:

data {
  int<lower=0> N;
  real<lower=0, upper=1> theta;
}
generated quantities {
  int<lower=0,upper=1> y[N];

  for (n in 1:N)
    y[n] <- bernoulli_rng(theta);
}

Related issues:

  • To run this, we need both the output of running the Bernoulli model and a value for N in order to provide input for this model
  • Doing proper posterior model generation will require empty parameters and model blocks, so update the parser so that this works (or link to a different issue); @betanalpha is working on a feature for this with a dummy sampler that can handle empty parameter vectors
Ngôn ngữ chính
C++
Star
240
Fork
105
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của stan-dev/cmdstan

Tất cả issue của stan-dev/cmdstan

Issue tương tự

Thêm issue về C++

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.