convert CmdStan CSV output to R dump format input
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- cpp
- 領域
- cli, documentation
調査の方向性
既存の bin/print コマンドと CmdStan マニュアルの調査から始めます。整数型の生成量を含め、CmdStan の CSV 出力がどのように表現されているかを追跡し、R dump 入力を生成するためのコマンドインターフェースを特定します。Bernoulli の例で変換が機能し、偽データのシミュレーションと事後予測チェックでの使用方法がマニュアルに記載されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Moved from https://github.com/stan-dev/stan/issues/544
In order to perform fake data simulation or posterior predictive checking, it would be nice to be able to convert the output of a Stan model from CSV format to the input for a Stan model in R dump format.
This should be structured as a command parallel to bin/print that does the conversion of an output CSV file. An alternative would be to have a model call argument that would produce R dump output.
The manual for CmdStan needs to be updated to show how to use this function. This will enable us to write a chapter in the manual on fake data and posterior predictive checks.
Be careful about type of the columns --- if there are integer generated quantities, the output can be integers.
For example, for the Bernoulli model in the introduction, a fake-data generator should look like:
data {
int<lower=0> N;
real<lower=0, upper=1> theta;
}
generated quantities {
int<lower=0,upper=1> y[N];
for (n in 1:N)
y[n] <- bernoulli_rng(theta);
}
Related issues:
- To run this, we need both the output of running the Bernoulli model and a value for
Nin order to provide input for this model - Doing proper posterior model generation will require empty parameters and model blocks, so update the parser so that this works (or link to a different issue); @betanalpha is working on a feature for this with a dummy sampler that can handle empty parameter vectors
- 主要言語
- C++
- スター
- 240
- フォーク
- 105
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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