convert CmdStan CSV output to R dump format input
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評估
- 難度
- 5/5
- 預估耗時
- 一週以上
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 類型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活躍度
- 停滯
- 技術堆疊
- cpp
- 領域
- cli, documentation
研究方向
先檢查現有的 bin/print 命令和 CmdStan 手冊。追蹤 CmdStan CSV 輸出的表示方式，包括整數型別的生成量，並確定用於產生 R dump 輸入的命令介面。完成的標準是：轉換能夠用於 Bernoulli 範例，且手冊記錄其在模擬虛假資料和後驗預測檢查中的用法。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Moved from https://github.com/stan-dev/stan/issues/544
In order to perform fake data simulation or posterior predictive checking, it would be nice to be able to convert the output of a Stan model from CSV format to the input for a Stan model in R dump format.
This should be structured as a command parallel to bin/print that does the conversion of an output CSV file. An alternative would be to have a model call argument that would produce R dump output.
The manual for CmdStan needs to be updated to show how to use this function. This will enable us to write a chapter in the manual on fake data and posterior predictive checks.
Be careful about type of the columns --- if there are integer generated quantities, the output can be integers.
For example, for the Bernoulli model in the introduction, a fake-data generator should look like:
data {
int<lower=0> N;
real<lower=0, upper=1> theta;
}
generated quantities {
int<lower=0,upper=1> y[N];
for (n in 1:N)
y[n] <- bernoulli_rng(theta);
}
Related issues:
- To run this, we need both the output of running the Bernoulli model and a value for
Nin order to provide input for this model - Doing proper posterior model generation will require empty parameters and model blocks, so update the parser so that this works (or link to a different issue); @betanalpha is working on a feature for this with a dummy sampler that can handle empty parameter vectors
- 主要語言
- C++
- 星號
- 240
- 分支
- 105
- 平均合併
- 1 天 5 小時
- 30 天內合併 PR
- 1
環境準備
- 沒有 Dockerfile 或 Docker Compose 檔案
- 有 Pull Request 範本
- 閱讀貢獻指南
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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diagnose flags R-hat only above 1.015 and ESS only below N/1000; documentation says 1.01 and 400未關閉
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