Owner

ome

已索引 53 个仓库 · 在 GitHub 查看

bioformats
Bio-Formats is a Java library for reading and writing data in life sciences image file formats. It is developed by the Open Microscopy E...

Java · 429 个 star
ome-zarr-py
Implementation of next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 258 个 star
openmicroscopy
OME (Open Microscopy Environment) develops open-source software and data format standards for the storage and manipulation of biological ...

Java · 222 个 star
ngff
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 171 个 star
napari-ome-zarr
A napari plugin for zarr backed OME-NGFF images

Python · 54 个 star
napari-omero
Browse your OMERO database from within napari.

Python · 40 个 star
omero-py
Python project containing Ice remoting code for OMERO

Python · 28 个 star
omero-web
Django-based OMERO.web client

Python · 24 个 star
omero-documentation
Sphinx-based documentation for the Open Microscopy Environment

Python · 24 个 star
omero-cli-zarr

Python · 22 个 star
omero-figure
An OMERO.web app for creating Figures from images in OMERO

JavaScript · 22 个 star
ome2024-ngff-challenge
Project planning and material repository for the 2024 challenge to generate 1 PB of OME-Zarr data

Python · 21 个 star
omero-ms-zarr
Experimental micro-service for implementing the Zarr spec over HTTP

Java · 21 个 star
omero-iviewer
An OMERO.web app allowing to view images

JavaScript · 20 个 star
omero-cli-transfer
An OMERO CLI plugin for creating transfer packets between OMERO servers.

Python · 19 个 star
devspace
Continuous integration tool for OME projects

Shell · 19 个 star
omero-server-docker
OMERO.server production docker image

Shell · 17 个 star
ome-model
OME model (specification, code generator, implementation)

XSLT · 17 个 star
ngff-spec
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 14 个 star
ome-ngff-validator
Web page for validating OME-NGFF files

Svelte · 12 个 star
还有 33 个仓库在在 GitHub 查看

适合新手全部

未关闭全部

Test suite failure for commit 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ome/ome-zarr-py#672 · 2026年9月22日创建
Test suite failure for commit 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

ome/ome-zarr-py#670 · 2026年9月22日创建
Export of rotated image panel cut in squared panel 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

ome/figure#16 · 1 条评论 · 2026年9月22日创建
Test suite failure for commit 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

ome/ome-zarr-py#669 · 2026年9月22日创建
Load layers as instances of `napari.layers.Layer`? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ome/napari-ome-zarr#170 · 2026年9月22日创建
Re-enable https://github.com/ome/ome_zarr_test_suite? 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

ome/ome-zarr-py#666 · 2026年9月21日创建
Add/remove linting: -black, -isort, +pydoclint 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 62/100

ome/ome-zarr-py#665 · 2 条评论 · 2026年9月21日创建
Expose transforming images 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

ome/ome-zarr-py#664 · 2026年9月21日创建
breakdown chapters of the spec into different files? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ome/ngff-spec#213 · 2026年9月15日创建
test_validation misses examples; the tests would fail otherwise 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ome/ngff-spec#212 · 1 条评论 · 2026年9月15日创建
Plate acquisition name mismatch between tree and right panel 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

ome/omero-web#690 · 2026年9月15日创建
Slider missing when choosing a custom LUT 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

ome/omero-figure#708 · 2026年9月15日创建
Drop minor fixes for 0.1, 0.2 and 0.3? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ome/ngff#611 · 1 条评论 · 2026年9月14日创建
PDF & TIFF export in the browser 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

ome/figure#6 · 3 条评论 · 2026年9月11日创建
harden ingestion of image-label metadata 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 64/100

ome/ome-zarr-py#655 · 2026年9月9日创建
Add stats on tools? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ome/ngff#606 · 5 条评论 · 1 个 reaction · 2026年9月8日创建
Add "Implementation" notes to RFCs? 未关闭

documentation rfc

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

ome/ngff#604 · 2026年9月7日创建
RFC-8 support 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ome/ome-ngff-validator#87 · 2026年9月7日创建
TODOs to complete repo migration 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ome/figure#1 · 5 条评论 · 2026年9月5日创建
`ome-zarr-py` does not work with auto-sharding 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

ome/ome-zarr-py#640 · 1 条评论 · 2026年8月31日创建
[Issue]: remove or qualify reference to in-memory array layout 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 75/100

ome/ngff-spec#200 · 2026年8月31日创建
`write_image` should take `Path` 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 75/100

ome/ome-zarr-py#634 · 12 条评论 · 2026年8月28日创建
RFC-5 document needs updates for OME-Zarr 0.6rc0 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

ome/ngff#594 · 3 条评论 · 1 个 reaction · 2026年8月27日创建
expand and constrain axis `unit` values (UDUNITS-2 controlled vocabulary, MUST) 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ome/ngff#593 · 11 条评论 · 1 个 reaction · 2026年8月27日创建
[Issue]: minContains on ome.series is inert, so an empty series validates 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

ome/ngff#602 · 1 条评论 · 2 个 reaction · 2026年8月26日创建
Check for pdflatex PDF build (it only runs on RTD after merge on main) 未关闭

infra

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

ome/ngff#591 · 2026年8月25日创建
lint/validate JSONs in the repository 未关闭

难度 2/5 半天新手友好度 67/100

ome/ngff-spec#194 · 1 个 reaction · 2026年8月24日创建
Does `OMEZarrMultiscales` need a transform graph, too? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ome/ome-zarr-py#627 · 4 条评论 · 2026年8月22日创建
RFC-4: making orientation.schema.json usable as a validator 未关闭

rfc-4

难度 4/5 3-5 天新手友好度 72/100

ome/ngff#586 · 1 条评论 · 2026年8月20日创建
Format object definitions as tables 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ome/ngff-spec#191 · 2026年8月19日创建
Reconsidering #78: `NIOFileHandle` extends the file on every write past EOF 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ome/ome-common-java#119 · 2026年8月19日创建
More tests 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

ome/ome-zarr-py#626 · 2026年8月19日创建
Disable link-preview in Read The Docs and remove hard-coded patches 未关闭

infra

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

ome/ngff#582 · 2026年8月18日创建
Overlay planes from different Z/T indices or different images 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ome/omero-figure#702 · 2026年8月17日创建
[Issue]: Tag previous versions 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

ome/ngff-spec#187 · 3 条评论 · 2026年8月17日创建
Reorder spec sections so the direct readability is improved 未关闭

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 25/100

ome/ngff-spec#184 · 2026年8月12日创建
Figure export to PDF errors on zoom level check 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 76/100

ome/omero-figure#699 · 1 条评论 · 2026年8月11日创建
RFC 7: Channel Metadata (collective scoping) 未关闭

scoping

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

ome/ngff#580 · 74 条评论 · 3 个 reaction · 2026年8月11日创建
Migration of the Bio-Formats artifacts to Maven Central 未关闭

ome/bioformats#4477 · 1 个 reaction · 已指派 2 人 · 2026年8月11日创建
Build system cleanup 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

ome/ngff-spec#182 · 2026年8月11日创建
Open Source AI Contribution policy? 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 52/100

ome/ome-contributing#46 · 3 条评论 · 2026年8月11日创建
Document `spora` suit of OME-Zarr use cases 未关闭

documentation

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

ome/ngff#579 · 2 条评论 · 2026年8月10日创建
Benchmarking 未关闭

documentation

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

ome/ome-zarr-py#618 · 2026年8月10日创建
Memoizer tests leak readers and temporary cache directories on failures 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

ome/bioformats#4475 · 2026年8月8日创建
Memoizer reports successful save when temporary memo rename fails 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

ome/bioformats#4474 · 2026年8月8日创建
Memoizer returns stale reader state after companion files change 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 64/100

ome/bioformats#4473 · 2026年8月8日创建
Memoizer reuses readers initialized with different DynamicMetadataOptions 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 65/100

ome/bioformats#4472 · 2026年8月8日创建
Standard flattened data tests enable Memoizer unpredictably on Java 25 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 82/100

ome/bioformats#4471 · 2026年8月8日创建
Standardize Maven versions across components 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

ome/bioformats#4469 · 2026年8月7日创建
Progress indication 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

ome/ome-zarr-py#616 · 2026年8月6日创建

只显示最新的 100 条

这个页面只列出最近收录的部分。完整清单在高级筛选里，可以按语言、难度和预计耗时筛选。

前往高级筛选

ome

只显示最新的 100 条

把新 issue 发到你的邮箱