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53 repository indicizzati · Vedi su GitHub

bioformats
Bio-Formats is a Java library for reading and writing data in life sciences image file formats. It is developed by the Open Microscopy E...

Java · 429 stelle
ome-zarr-py
Implementation of next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 258 stelle
openmicroscopy
OME (Open Microscopy Environment) develops open-source software and data format standards for the storage and manipulation of biological ...

Java · 222 stelle
ngff
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 171 stelle
napari-ome-zarr
A napari plugin for zarr backed OME-NGFF images

Python · 54 stelle
napari-omero
Browse your OMERO database from within napari.

Python · 40 stelle
omero-py
Python project containing Ice remoting code for OMERO

Python · 28 stelle
omero-web
Django-based OMERO.web client

Python · 24 stelle
omero-documentation
Sphinx-based documentation for the Open Microscopy Environment

Python · 24 stelle
omero-cli-zarr

Python · 22 stelle
omero-figure
An OMERO.web app for creating Figures from images in OMERO

JavaScript · 22 stelle
ome2024-ngff-challenge
Project planning and material repository for the 2024 challenge to generate 1 PB of OME-Zarr data

Python · 21 stelle
omero-ms-zarr
Experimental micro-service for implementing the Zarr spec over HTTP

Java · 21 stelle
omero-iviewer
An OMERO.web app allowing to view images

JavaScript · 20 stelle
omero-cli-transfer
An OMERO CLI plugin for creating transfer packets between OMERO servers.

Python · 19 stelle
devspace
Continuous integration tool for OME projects

Shell · 19 stelle
omero-server-docker
OMERO.server production docker image

Shell · 17 stelle
ome-model
OME model (specification, code generator, implementation)

XSLT · 17 stelle
ngff-spec
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 14 stelle
ome-ngff-validator
Web page for validating OME-NGFF files

Svelte · 12 stelle
33 altri repository si trovano su Vedi su GitHub

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Test suite failure for commit Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ome/ome-zarr-py#672 · Aperta il 22/9/2026
Test suite failure for commit Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

ome/ome-zarr-py#670 · Aperta il 22/9/2026
Export of rotated image panel cut in squared panel Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

ome/figure#16 · 1 commento · Aperta il 22/9/2026
Test suite failure for commit Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

ome/ome-zarr-py#669 · Aperta il 22/9/2026
Load layers as instances of `napari.layers.Layer`? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ome/napari-ome-zarr#170 · Aperta il 22/9/2026
Re-enable https://github.com/ome/ome_zarr_test_suite? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

ome/ome-zarr-py#666 · Aperta il 21/9/2026
Add/remove linting: -black, -isort, +pydoclint Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100

ome/ome-zarr-py#665 · 2 commenti · Aperta il 21/9/2026
Expose transforming images Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

ome/ome-zarr-py#664 · Aperta il 21/9/2026
breakdown chapters of the spec into different files? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ome/ngff-spec#213 · Aperta il 15/9/2026
test_validation misses examples; the tests would fail otherwise Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

ome/ngff-spec#212 · 1 commento · Aperta il 15/9/2026
Plate acquisition name mismatch between tree and right panel Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

ome/omero-web#690 · Aperta il 15/9/2026
Slider missing when choosing a custom LUT Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

ome/omero-figure#708 · Aperta il 15/9/2026
Drop minor fixes for 0.1, 0.2 and 0.3? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ome/ngff#611 · 1 commento · Aperta il 14/9/2026
PDF & TIFF export in the browser Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100

ome/figure#6 · 3 commenti · Aperta il 11/9/2026
harden ingestion of image-label metadata Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100

ome/ome-zarr-py#655 · Aperta il 9/9/2026
Add stats on tools? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ome/ngff#606 · 5 commenti · 1 reazione · Aperta il 8/9/2026
Add "Implementation" notes to RFCs? Aperta

documentation rfc

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

ome/ngff#604 · Aperta il 7/9/2026
RFC-8 support Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ome/ome-ngff-validator#87 · Aperta il 7/9/2026
TODOs to complete repo migration Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ome/figure#1 · 5 commenti · Aperta il 5/9/2026
`ome-zarr-py` does not work with auto-sharding Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

ome/ome-zarr-py#640 · 1 commento · Aperta il 31/8/2026
[Issue]: remove or qualify reference to in-memory array layout Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100

ome/ngff-spec#200 · Aperta il 31/8/2026
`write_image` should take `Path` Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100

ome/ome-zarr-py#634 · 12 commenti · Aperta il 28/8/2026
RFC-5 document needs updates for OME-Zarr 0.6rc0 Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

ome/ngff#594 · 3 commenti · 1 reazione · Aperta il 27/8/2026
expand and constrain axis `unit` values (UDUNITS-2 controlled vocabulary, MUST) Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ome/ngff#593 · 11 commenti · 1 reazione · Aperta il 27/8/2026
[Issue]: minContains on ome.series is inert, so an empty series validates Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

ome/ngff#602 · 1 commento · 2 reazioni · Aperta il 26/8/2026
Check for pdflatex PDF build (it only runs on RTD after merge on main) Aperta

infra

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

ome/ngff#591 · Aperta il 25/8/2026
lint/validate JSONs in the repository Aperta

Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 67/100

ome/ngff-spec#194 · 1 reazione · Aperta il 24/8/2026
Does `OMEZarrMultiscales` need a transform graph, too? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ome/ome-zarr-py#627 · 4 commenti · Aperta il 22/8/2026
RFC-4: making orientation.schema.json usable as a validator Aperta

rfc-4

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 72/100

ome/ngff#586 · 1 commento · Aperta il 20/8/2026
Format object definitions as tables Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ome/ngff-spec#191 · Aperta il 19/8/2026
Reconsidering #78: `NIOFileHandle` extends the file on every write past EOF Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ome/ome-common-java#119 · Aperta il 19/8/2026
More tests Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

ome/ome-zarr-py#626 · Aperta il 19/8/2026
Disable link-preview in Read The Docs and remove hard-coded patches Aperta

infra

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

ome/ngff#582 · Aperta il 18/8/2026
Overlay planes from different Z/T indices or different images Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ome/omero-figure#702 · Aperta il 17/8/2026
[Issue]: Tag previous versions Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

ome/ngff-spec#187 · 3 commenti · Aperta il 17/8/2026
Reorder spec sections so the direct readability is improved Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 25/100

ome/ngff-spec#184 · Aperta il 12/8/2026
Figure export to PDF errors on zoom level check Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

ome/omero-figure#699 · 1 commento · Aperta il 11/8/2026
RFC 7: Channel Metadata (collective scoping) Aperta

scoping

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

ome/ngff#580 · 74 commenti · 3 reazioni · Aperta il 11/8/2026
Migration of the Bio-Formats artifacts to Maven Central Aperta

ome/bioformats#4477 · 1 reazione · 2 assegnatari · Aperta il 11/8/2026
Build system cleanup Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

ome/ngff-spec#182 · Aperta il 11/8/2026
Open Source AI Contribution policy? Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 52/100

ome/ome-contributing#46 · 3 commenti · Aperta il 11/8/2026
Document `spora` suit of OME-Zarr use cases Aperta

documentation

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

ome/ngff#579 · 2 commenti · Aperta il 10/8/2026
Benchmarking Aperta

documentation

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

ome/ome-zarr-py#618 · Aperta il 10/8/2026
Memoizer tests leak readers and temporary cache directories on failures Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

ome/bioformats#4475 · Aperta il 8/8/2026
Memoizer reports successful save when temporary memo rename fails Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

ome/bioformats#4474 · Aperta il 8/8/2026
Memoizer returns stale reader state after companion files change Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 64/100

ome/bioformats#4473 · Aperta il 8/8/2026
Memoizer reuses readers initialized with different DynamicMetadataOptions Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

ome/bioformats#4472 · Aperta il 8/8/2026
Standard flattened data tests enable Memoizer unpredictably on Java 25 Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100

ome/bioformats#4471 · Aperta il 8/8/2026
Standardize Maven versions across components Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

ome/bioformats#4469 · Aperta il 7/8/2026
Progress indication Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

ome/ome-zarr-py#616 · Aperta il 6/8/2026

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