Propietario

ome

53 repositorios indexados · Ver en GitHub

bioformats
Bio-Formats is a Java library for reading and writing data in life sciences image file formats. It is developed by the Open Microscopy E...

Java · 429 estrellas
ome-zarr-py
Implementation of next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 258 estrellas
openmicroscopy
OME (Open Microscopy Environment) develops open-source software and data format standards for the storage and manipulation of biological ...

Java · 222 estrellas
ngff
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 171 estrellas
napari-ome-zarr
A napari plugin for zarr backed OME-NGFF images

Python · 54 estrellas
napari-omero
Browse your OMERO database from within napari.

Python · 40 estrellas
omero-py
Python project containing Ice remoting code for OMERO

Python · 28 estrellas
omero-web
Django-based OMERO.web client

Python · 24 estrellas
omero-documentation
Sphinx-based documentation for the Open Microscopy Environment

Python · 24 estrellas
omero-cli-zarr

Python · 22 estrellas
omero-figure
An OMERO.web app for creating Figures from images in OMERO

JavaScript · 22 estrellas
ome2024-ngff-challenge
Project planning and material repository for the 2024 challenge to generate 1 PB of OME-Zarr data

Python · 21 estrellas
omero-ms-zarr
Experimental micro-service for implementing the Zarr spec over HTTP

Java · 21 estrellas
omero-iviewer
An OMERO.web app allowing to view images

JavaScript · 20 estrellas
omero-cli-transfer
An OMERO CLI plugin for creating transfer packets between OMERO servers.

Python · 19 estrellas
devspace
Continuous integration tool for OME projects

Shell · 19 estrellas
omero-server-docker
OMERO.server production docker image

Shell · 17 estrellas
ome-model
OME model (specification, code generator, implementation)

XSLT · 17 estrellas
ngff-spec
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · 14 estrellas
ome-ngff-validator
Web page for validating OME-NGFF files

Svelte · 12 estrellas
33 repositorios más están en Ver en GitHub

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Test suite failure for commit Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ome/ome-zarr-py#672 · Abierto el 22/9/2026
Test suite failure for commit Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

ome/ome-zarr-py#670 · Abierto el 22/9/2026
Export of rotated image panel cut in squared panel Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

ome/figure#16 · 1 comentario · Abierto el 22/9/2026
Test suite failure for commit Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

ome/ome-zarr-py#669 · Abierto el 22/9/2026
Load layers as instances of `napari.layers.Layer`? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ome/napari-ome-zarr#170 · Abierto el 22/9/2026
Re-enable https://github.com/ome/ome_zarr_test_suite? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ome/ome-zarr-py#666 · Abierto el 21/9/2026
Add/remove linting: -black, -isort, +pydoclint Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

ome/ome-zarr-py#665 · 2 comentarios · Abierto el 21/9/2026
Expose transforming images Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

ome/ome-zarr-py#664 · Abierto el 21/9/2026
breakdown chapters of the spec into different files? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ome/ngff-spec#213 · Abierto el 15/9/2026
test_validation misses examples; the tests would fail otherwise Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

ome/ngff-spec#212 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026
Plate acquisition name mismatch between tree and right panel Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

ome/omero-web#690 · Abierto el 15/9/2026
Slider missing when choosing a custom LUT Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

ome/omero-figure#708 · Abierto el 15/9/2026
Drop minor fixes for 0.1, 0.2 and 0.3? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ome/ngff#611 · 1 comentario · Abierto el 14/9/2026
PDF & TIFF export in the browser Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

ome/figure#6 · 3 comentarios · Abierto el 11/9/2026
harden ingestion of image-label metadata Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 64/100

ome/ome-zarr-py#655 · Abierto el 9/9/2026
Add stats on tools? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ome/ngff#606 · 5 comentarios · 1 reacción · Abierto el 8/9/2026
Add "Implementation" notes to RFCs? Abierto

documentation rfc

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

ome/ngff#604 · Abierto el 7/9/2026
RFC-8 support Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ome/ome-ngff-validator#87 · Abierto el 7/9/2026
TODOs to complete repo migration Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ome/figure#1 · 5 comentarios · Abierto el 5/9/2026
`ome-zarr-py` does not work with auto-sharding Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

ome/ome-zarr-py#640 · 1 comentario · Abierto el 31/8/2026
[Issue]: remove or qualify reference to in-memory array layout Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100

ome/ngff-spec#200 · Abierto el 31/8/2026
`write_image` should take `Path` Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100

ome/ome-zarr-py#634 · 12 comentarios · Abierto el 28/8/2026
RFC-5 document needs updates for OME-Zarr 0.6rc0 Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

ome/ngff#594 · 3 comentarios · 1 reacción · Abierto el 27/8/2026
expand and constrain axis `unit` values (UDUNITS-2 controlled vocabulary, MUST) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ome/ngff#593 · 11 comentarios · 1 reacción · Abierto el 27/8/2026
[Issue]: minContains on ome.series is inert, so an empty series validates Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

ome/ngff#602 · 1 comentario · 2 reacciones · Abierto el 26/8/2026
Check for pdflatex PDF build (it only runs on RTD after merge on main) Abierto

infra

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

ome/ngff#591 · Abierto el 25/8/2026
lint/validate JSONs in the repository Abierto

Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 67/100

ome/ngff-spec#194 · 1 reacción · Abierto el 24/8/2026
Does `OMEZarrMultiscales` need a transform graph, too? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ome/ome-zarr-py#627 · 4 comentarios · Abierto el 22/8/2026
RFC-4: making orientation.schema.json usable as a validator Abierto

rfc-4

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 72/100

ome/ngff#586 · 1 comentario · Abierto el 20/8/2026
Format object definitions as tables Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ome/ngff-spec#191 · Abierto el 19/8/2026
Reconsidering #78: `NIOFileHandle` extends the file on every write past EOF Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ome/ome-common-java#119 · Abierto el 19/8/2026
More tests Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ome/ome-zarr-py#626 · Abierto el 19/8/2026
Disable link-preview in Read The Docs and remove hard-coded patches Abierto

infra

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

ome/ngff#582 · Abierto el 18/8/2026
Overlay planes from different Z/T indices or different images Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ome/omero-figure#702 · Abierto el 17/8/2026
[Issue]: Tag previous versions Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

ome/ngff-spec#187 · 3 comentarios · Abierto el 17/8/2026
Reorder spec sections so the direct readability is improved Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 25/100

ome/ngff-spec#184 · Abierto el 12/8/2026
Figure export to PDF errors on zoom level check Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

ome/omero-figure#699 · 1 comentario · Abierto el 11/8/2026
RFC 7: Channel Metadata (collective scoping) Abierto

scoping

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ome/ngff#580 · 74 comentarios · 3 reacciones · Abierto el 11/8/2026
Migration of the Bio-Formats artifacts to Maven Central Abierto

ome/bioformats#4477 · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 11/8/2026
Build system cleanup Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

ome/ngff-spec#182 · Abierto el 11/8/2026
Open Source AI Contribution policy? Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 52/100

ome/ome-contributing#46 · 3 comentarios · Abierto el 11/8/2026
Document `spora` suit of OME-Zarr use cases Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

ome/ngff#579 · 2 comentarios · Abierto el 10/8/2026
Benchmarking Abierto

documentation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

ome/ome-zarr-py#618 · Abierto el 10/8/2026
Memoizer tests leak readers and temporary cache directories on failures Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

ome/bioformats#4475 · Abierto el 8/8/2026
Memoizer reports successful save when temporary memo rename fails Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

ome/bioformats#4474 · Abierto el 8/8/2026
Memoizer returns stale reader state after companion files change Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 64/100

ome/bioformats#4473 · Abierto el 8/8/2026
Memoizer reuses readers initialized with different DynamicMetadataOptions Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

ome/bioformats#4472 · Abierto el 8/8/2026
Standard flattened data tests enable Memoizer unpredictably on Java 25 Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 82/100

ome/bioformats#4471 · Abierto el 8/8/2026
Standardize Maven versions across components Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

ome/bioformats#4469 · Abierto el 7/8/2026
Progress indication Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ome/ome-zarr-py#616 · Abierto el 6/8/2026

Mostrando los 100 más recientes

Esta página solo lista lo indexado más recientemente. El filtro avanzado tiene el inventario completo, acotado por lenguaje, dificultad y duración.

Abrir el filtro avanzado

ome

Mostrando los 100 más recientes

Recibe los nuevos issues en tu correo