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索引済みのリポジトリ 53 件 · GitHub で見る

bioformats
Bio-Formats is a Java library for reading and writing data in life sciences image file formats. It is developed by the Open Microscopy E...

Java · スター 429 個
ome-zarr-py
Implementation of next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · スター 258 個
openmicroscopy
OME (Open Microscopy Environment) develops open-source software and data format standards for the storage and manipulation of biological ...

Java · スター 222 個
ngff
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · スター 171 個
napari-ome-zarr
A napari plugin for zarr backed OME-NGFF images

Python · スター 54 個
napari-omero
Browse your OMERO database from within napari.

Python · スター 40 個
omero-py
Python project containing Ice remoting code for OMERO

Python · スター 28 個
omero-web
Django-based OMERO.web client

Python · スター 24 個
omero-documentation
Sphinx-based documentation for the Open Microscopy Environment

Python · スター 24 個
omero-cli-zarr

Python · スター 22 個
omero-figure
An OMERO.web app for creating Figures from images in OMERO

JavaScript · スター 22 個
ome2024-ngff-challenge
Project planning and material repository for the 2024 challenge to generate 1 PB of OME-Zarr data

Python · スター 21 個
omero-ms-zarr
Experimental micro-service for implementing the Zarr spec over HTTP

Java · スター 21 個
omero-iviewer
An OMERO.web app allowing to view images

JavaScript · スター 20 個
omero-cli-transfer
An OMERO CLI plugin for creating transfer packets between OMERO servers.

Python · スター 19 個
devspace
Continuous integration tool for OME projects

Shell · スター 19 個
omero-server-docker
OMERO.server production docker image

Shell · スター 17 個
ome-model
OME model (specification, code generator, implementation)

XSLT · スター 17 個
ngff-spec
Next-generation file format (NGFF) specifications for storing bioimaging data in the cloud.

Python · スター 14 個
ome-ngff-validator
Web page for validating OME-NGFF files

Svelte · スター 12 個
ほか 33 件のリポジトリは GitHub で見るにあります

初心者向けすべて

オープンすべて

Test suite failure for commit オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ome/ome-zarr-py#672 · 2026年9月22日に作成
Test suite failure for commit オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

ome/ome-zarr-py#670 · 2026年9月22日に作成
Export of rotated image panel cut in squared panel オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

ome/figure#16 · コメント 1 件 · 2026年9月22日に作成
Test suite failure for commit オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

ome/ome-zarr-py#669 · 2026年9月22日に作成
Load layers as instances of `napari.layers.Layer`? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ome/napari-ome-zarr#170 · 2026年9月22日に作成
Re-enable https://github.com/ome/ome_zarr_test_suite? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

ome/ome-zarr-py#666 · 2026年9月21日に作成
Add/remove linting: -black, -isort, +pydoclint オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 62/100

ome/ome-zarr-py#665 · コメント 2 件 · 2026年9月21日に作成
Expose transforming images オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

ome/ome-zarr-py#664 · 2026年9月21日に作成
breakdown chapters of the spec into different files? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ome/ngff-spec#213 · 2026年9月15日に作成
test_validation misses examples; the tests would fail otherwise オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

ome/ngff-spec#212 · コメント 1 件 · 2026年9月15日に作成
Plate acquisition name mismatch between tree and right panel オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

ome/omero-web#690 · 2026年9月15日に作成
Slider missing when choosing a custom LUT オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

ome/omero-figure#708 · 2026年9月15日に作成
Drop minor fixes for 0.1, 0.2 and 0.3? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ome/ngff#611 · コメント 1 件 · 2026年9月14日に作成
PDF & TIFF export in the browser オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

ome/figure#6 · コメント 3 件 · 2026年9月11日に作成
harden ingestion of image-label metadata オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 64/100

ome/ome-zarr-py#655 · 2026年9月9日に作成
Add stats on tools? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ome/ngff#606 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 · 2026年9月8日に作成
Add "Implementation" notes to RFCs? オープン

documentation rfc

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

ome/ngff#604 · 2026年9月7日に作成
RFC-8 support オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ome/ome-ngff-validator#87 · 2026年9月7日に作成
TODOs to complete repo migration オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ome/figure#1 · コメント 5 件 · 2026年9月5日に作成
`ome-zarr-py` does not work with auto-sharding オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

ome/ome-zarr-py#640 · コメント 1 件 · 2026年8月31日に作成
[Issue]: remove or qualify reference to in-memory array layout オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

ome/ngff-spec#200 · 2026年8月31日に作成
`write_image` should take `Path` オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

ome/ome-zarr-py#634 · コメント 12 件 · 2026年8月28日に作成
RFC-5 document needs updates for OME-Zarr 0.6rc0 オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

ome/ngff#594 · コメント 3 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月27日に作成
expand and constrain axis `unit` values (UDUNITS-2 controlled vocabulary, MUST) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ome/ngff#593 · コメント 11 件 · リアクション 1 件 · 2026年8月27日に作成
[Issue]: minContains on ome.series is inert, so an empty series validates オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

ome/ngff#602 · コメント 1 件 · リアクション 2 件 · 2026年8月26日に作成
Check for pdflatex PDF build (it only runs on RTD after merge on main) オープン

infra

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

ome/ngff#591 · 2026年8月25日に作成
lint/validate JSONs in the repository オープン

難易度 2/5 半日初心者へのやさしさ 67/100

ome/ngff-spec#194 · リアクション 1 件 · 2026年8月24日に作成
Does `OMEZarrMultiscales` need a transform graph, too? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ome/ome-zarr-py#627 · コメント 4 件 · 2026年8月22日に作成
RFC-4: making orientation.schema.json usable as a validator オープン

rfc-4

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 72/100

ome/ngff#586 · コメント 1 件 · 2026年8月20日に作成
Format object definitions as tables オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ome/ngff-spec#191 · 2026年8月19日に作成
Reconsidering #78: `NIOFileHandle` extends the file on every write past EOF オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ome/ome-common-java#119 · 2026年8月19日に作成
More tests オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

ome/ome-zarr-py#626 · 2026年8月19日に作成
Disable link-preview in Read The Docs and remove hard-coded patches オープン

infra

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

ome/ngff#582 · 2026年8月18日に作成
Overlay planes from different Z/T indices or different images オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ome/omero-figure#702 · 2026年8月17日に作成
[Issue]: Tag previous versions オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

ome/ngff-spec#187 · コメント 3 件 · 2026年8月17日に作成
Reorder spec sections so the direct readability is improved オープン

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 25/100

ome/ngff-spec#184 · 2026年8月12日に作成
Figure export to PDF errors on zoom level check オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 76/100

ome/omero-figure#699 · コメント 1 件 · 2026年8月11日に作成
RFC 7: Channel Metadata (collective scoping) オープン

scoping

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

ome/ngff#580 · コメント 74 件 · リアクション 3 件 · 2026年8月11日に作成
Migration of the Bio-Formats artifacts to Maven Central オープン

ome/bioformats#4477 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年8月11日に作成
Build system cleanup オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

ome/ngff-spec#182 · 2026年8月11日に作成
Open Source AI Contribution policy? オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 52/100

ome/ome-contributing#46 · コメント 3 件 · 2026年8月11日に作成
Document `spora` suit of OME-Zarr use cases オープン

documentation

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

ome/ngff#579 · コメント 2 件 · 2026年8月10日に作成
Benchmarking オープン

documentation

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

ome/ome-zarr-py#618 · 2026年8月10日に作成
Memoizer tests leak readers and temporary cache directories on failures オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

ome/bioformats#4475 · 2026年8月8日に作成
Memoizer reports successful save when temporary memo rename fails オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

ome/bioformats#4474 · 2026年8月8日に作成
Memoizer returns stale reader state after companion files change オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 64/100

ome/bioformats#4473 · 2026年8月8日に作成
Memoizer reuses readers initialized with different DynamicMetadataOptions オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 65/100

ome/bioformats#4472 · 2026年8月8日に作成
Standard flattened data tests enable Memoizer unpredictably on Java 25 オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 82/100

ome/bioformats#4471 · 2026年8月8日に作成
Standardize Maven versions across components オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

ome/bioformats#4469 · 2026年8月7日に作成
Progress indication オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

ome/ome-zarr-py#616 · 2026年8月6日に作成

ome

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