Can't `cbind` DelayedArray instances with other matrix-likes

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#100 建立於 2022年5月11日 3 則留言 0 個 reaction 已指派 0 人在 GitHub 檢視

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評估

難度: 3/5
預估耗時: 1-2 天
新手友好度: 65/100

Issue 類型: 缺陷
描述清晰度: 基本清楚
活躍度: 活躍
技術堆疊: r
領域: data

研究方向

先重現 issue 中混合使用的 cbind(y, x) 和 cbind(y, y) 範例，然後檢查針對 DelayedMatrix 的 bindCOLS 方法分派。完成標準是 cbind 能夠接受 DelayedArray 與一般矩陣一起使用而不再出現回報的方法錯誤，同時保留現有的 DelayedArray 結果行為。

由索引模型根據 Issue 內容生成。

描述

I could have sworn this used to work.

library(DelayedArray)
x <- matrix(runif(100), 10, 10)
y <- DelayedArray(x)
cbind(y, x)
## Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
##   unable to find an inherited method for function ‘bindCOLS’ for signature ‘"DelayedMatrix"’

Two DelayedArrays are fine:

cbind(y, y)
## <10 x 20> matrix of class DelayedMatrix and type "double":
## etc.

Session information

> sessionInfo()
R version 4.2.0 Patched (2022-05-06 r82323)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.6 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /home/luna/Software/R/R-4-2-branch/lib/libRblas.so
LAPACK: /home/luna/Software/R/R-4-2-branch/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] DelayedArray_0.22.0  IRanges_2.30.0       S4Vectors_0.34.0    
[4] MatrixGenerics_1.8.0 matrixStats_0.62.0   BiocGenerics_0.42.0 
[7] Matrix_1.4-1        

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.2.0  grid_4.2.0      lattice_0.20-45

主要語言: R
星號: 29
分支: 12
PR 合併指標: 30 天內沒有已合併 PR

貢獻指南

這個儲存庫沒有索引到貢獻指南

從這裡開始

先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。

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